核酸测序技术分析解析.pptxVIP

核酸测序技术;序列测定的技术 ;与 PCR反应类似。 反应体系中包含：模板 DNA, Taq酶, dNTPs, ddNTPs和测序引物； 反应过程： 变性－复性－延伸－终止 ;Dideoxynucleotides（双脱氧核苷酸）;*;Sanger第一步：加入复制终止剂;ddNTPs参与下的DNA复制;Gel Electrophoresis DNA Fragment Size Determination;除核苷酸序列文本文件外，全自动测序仪还提供曲线图。;PCR-Polymerase Chain Reaction 多聚酶链式反应;;;;PCR扩增原理;PCR技术的创建;Adleman’s solution of the Hamiltonian Directed Path Problem(HDPP).;19;20;21;22;23;24;25;26;27;28;29;30;31;32;33;34;35;36;37;38;39;1.2代;鸟枪测序法(shotgun sequencing)：随机克隆测序 将待测的DNA片段随机打断并构建随机重叠克隆文库，然后通过通用引物测定每个克隆中的待测DNA序列。当这些已测序列的数量达到一定程度后，相当于待测DNA片断的每一部位的序列也就被测定出来了，通过这些所测序列之间的重叠部分，最终可将整个DNA片断的序列拼接出来，这样的测序策略称为随机克隆测序。   ;鸟枪法测序的缺点;完整基因组的测序过程一般包括三个步骤： （1）建立克隆的物理图谱：如酵母人工染色体YAC（Yeast Artificial Chromosome）克隆、细菌人工染色体BAC（Bacterial Artificial Chromosome）克隆等； （2）利用鸟枪法（Shotgun Strategy）测定每个克隆的序列； （3）序列拼装和注释：当得到一段DNA序列之后，可以利用序列分析工具，进行序列的拼接；继而通过与数据库序列的比较，得到与该序列相关的信息，如基因、调控元件、重复区域等，进而对序列的生物学特性进行注释。 ;;;第一代测序的优缺点;第2代测序技术—循环阵列合成测序法;第二代测序;Roche公司的454测序技术;454 流程;454 流程;454 流程;454 流程;454 流程;454特点;Solexa-Illumina Genome Analyzer;Fragment DNA and ligate adaptors;Solexa-Illumina特点;SOLiD ;SOLiD流程;SOLiD流程;SOLiD流程;SOLiD流程;SOLiD流程;SOLiD流程;SOLiD特点;第三代测序技术;第三代测序技术;;FASTQ Format ;FASTQ example;FASTQ format;Encoding Phred Quality Scores;NAR(Nucleic Acid Research)数据库分类：;遗传与物理图谱数据库(Genetic and physical maps) 基因组数据库(Genomic Databases) 分子相互作用数据库(Intermolecular interactions) 代谢途径和细胞调节数据库(Metabolic Pathways and Cellular Regulation) 突变数据库(Mutation Databases) 病理数据库(Pathology);蛋白质数据库(Protein Databases) 蛋白质模体数据库(Protein sequence Motifs) 蛋白质组数据库(Proteome Resources) RNA序列数据库(RNA Sequences) 结构数据库(Structure);核酸序列数据库;核酸序列数据的增长趋势 （纵轴代表总的核酸序列长度，单位：百万bp）;三大数据库之间的联系;NCBI的主要资源; Search Human alternatively spliced mRNA sequences; A sample GenBank record.;;; Saving search results. ;GenBank数据格式;FASTA格式;蛋白质序列数据库;Properties of PIR-PSD and Swiss-Prot;目的： 帮助研究者鉴别和解释蛋白质序列信息，研究分子进化、功能基因组。 它是一个全面的、经过注释的、非冗余的蛋白质序列数据库。 所有序列数据都经过整理，超过99%的序列已按蛋白质家族分类，一半以上还按蛋白质超家族进行了分类。;除了蛋白质序列数据之外，PIR还包含以下信息： (1)蛋白质名称、蛋白质的分类、蛋白质的来源；