微生物多样性总结.pptxVIP

第二章 微生物多样性;生物多样性(biodiversity)这个单词是一个新创造的组合词，由生物(bio)和多样性(diversity)组合而成。biological diversity由托马斯·拉夫卓伊(Thomas Lovejoy)于1980年提出，而biodiversity则由昆虫学家威尔逊(E. O. Wilson)于1986年在国家研究委员会(National Research Council, NRC)举办的首次美国生物多样性论坛报告中提出。 微生物多样性（Microbial Diversity）是一定区域范围内的所有微生物种类和它们的生态环境总和。;微生物生态系统多样性（Microbial ecosystem diversity）;1.3 微生物多样性表现形式;-cell shapes: rods, cocci, spirals, filaments,amorphous, star-shaped, squares,…… -cell organization: multicellular from pairs and tetrads to filaments, sheets, rosettes, microbial mats,…… -cells size: average 1 to 5 microns range 0.1 to 660 microns (Thiomargarita namibiensis , giant sulfur bacteruim in Namibian sediments);;Dimensions of some bacteria;Chemotrophs:energy is obtained from chemicals lithotrophs: inorganic chemicals (sulfur, iron, hydrogen) -autotrophs: carbon is obtained by fixing CO2 (sulfur-reducing Archaea, methanogens) -heterotrophs: carbon is obtained from organic compounds (sulfur-reducing Archaea) organotrophs and heterotrophs: carbon and energy are obtained from organic chemicals (heterotrophs, E.coli, pathogens);Ecological diversity;1.4 微生物多样性影响因素（Drive factors）;Diversity arises from the balance between speciation and extinction rates. ;1.5 微生物多样性价值;Estimates of biodiversity are problematic;;;;传统平板培养方法（traditional culture-dependent methods） 群落水平生理学方法（community level physiological profile，CLPP） 生物标记法（Biomakers） 分子微生物学方法（Molecular microbial diversity ）;传统培养分离方法是将定量样品接种于培养基中，在一定的温度下培养一定的时间，然后对生长的菌落计数和计算含量，并通过在显微镜下观察其形态构造，结合培养分离过程生理生化特性的观察鉴定种属分类特性。培养分离方法采用配比简单的营养基质和固定的培养温度，还忽略了气候变化和生物相互作用的影响，这种人工环境与原生境的偏差使得可培养的种类大大减少(仅占环境微生物总数的0.1%～10%)。而且，此方法繁琐耗时，不能用于监测种群结构的动态变化???;;;该方法最初由美国的BIOLOG公司于1989年开发成功，最初应用于纯种微生物鉴定，至今已经能够鉴定包括细菌、酵母菌和霉菌在内的2000多种病原微生物和环境微生物。 这种方法是基于微生物群落对95种不同碳源的利用度来描述群落中微生物的动态变化。其具体做法是：利用由95孔不同单一C源和1个对照孔组成的Biolog微平板系统，将土壤溶液接种到每一个微平板孔中，在一定的温育时间内，由于不同微生物对不同单一C源利用程度和强度不一样而发生不同生化代谢反应，最终使得每一个孔的溶液呈现出不同程度的颜色，微平板中每一孔的颜色变化可以通过酶标仪测定和记录下来，这样便可得到土壤微生物特有的“代谢指纹”(Metabolic Fingerpri