精选水稻bZIP-5基因生物信息学分析--整理.docxVIP

精选文档资源合集 精选文档资源合集 水稻bZIP-5基因生物信息学分析 Group 4 : 李聪 何冠华 闫婷 龙海馨 水稻转录因子bZIP-5背景 目 水稻bZIP-5蛋白质生 录 物信息分析 bZIP-5蛋白分析结果 水稻转录因子bZIP-5主要调控水稻籽粒的长度和宽度 推测一：当bZIP-5与强启动子连接构建载体, 并转入到水稻,可以增加转基因水稻籽粒长度、 宽度、千粒重,从而增加水稻产量 一、推测二：将bZIP-5基因敲除,水稻千粒重可能 背 会受到影响,然而目前对水稻转录因子bZIP的 研究很少,很多机制还不了解 景 本文通过对水稻一号染色体上LOC_Os01g59760 进行生物信息学分析,了解该基因的基本性质, 以及该基因所编码的蛋白质基本信息. 反式作用因子 (trans-acting factor) 能直接或间接与顺式作用元件相互作用,进而调控基因转录的一类调节蛋白,统称为反式作用因子。 按其功能不同,常有以下三类： 一、 基本转录因子 :识别promoter元件 转录调节因子:识别enhancer或silencer 背 共调节因子：不能进行DNA-蛋白质相互作用 景 TFⅡF  polⅡ TAF TAF TAF TFⅡH TFⅡA TBP TFⅡB TATA DNA 常见转录因子的结构域 (domain) TF DNA结合域 （DNA binding domain) 一、 Basic AA (K/R) rich, positively charged 转录激活域(trans-activation domain) 转录激活域 (trans-activation domain) 蛋白质-蛋白质结合域 （dimerization, co-factors） 二、水 稻 bZIP 分析 bZIP-5基因性质,重复序列分析 bZIP-5蛋白质性质、疏水性、信号肽、亚细胞定位、磷酸化、结构域预测！ bZIP-5二级结构预测、三级结构预测 水稻bZIP基因登陆号为：LOC_Os01g59760 0 水稻bZIP 基因  10MB bZIP-5  20MB LOC_Os01g59760 LOC_Os01g59760.1  30MB LOC_Os01g59760 is a gene spanning chr1 from34568290. LOC_Os01g59760.1 is a mRNA spanning chr1 from34568290 水稻bZIP 基因 使用DNAMAN软件对核酸序列组分分析得到：bZIP-5 核酸单链相对分子质量为313KDa;双链621.52KDa。A：23.7%;C：23.9%;G：34.5%;T：17.9% 使用DNAMAN软件对核酸重复序列分析：bZIP-5属于单拷贝序列！ 水稻bZIP 基因 利用ProtParam工具分析可以得到：bZIP-5氨基酸序列个Th数e N为-t3e3r5m个in;al分of子th质e s量eq约ue为nc3e6KcDona;sidPeIr为ed9i.s5M6;(M总e共t). 包Th括e e5s0t4im2个at原ed子ha;lf-分lif子e i式s: C31053h6oHu25r1s5N(4m85aO4m95mS1a1;lia氨n 基酸序 列ret中icuGlloyc(yGt)es含, i有n v4i4t个ro)占. 13.1%最高;Cys(C)含量最低, 水 只有1,占0.3%,不2能0 h够ou形rs成(y二ea硫st,键in;v不ivo稳)..定05系. 数为： 稻 bZIP 蛋白质 58;脂肪指数为：1609h.o2u8r根s (据EsGcuhreurpicrhaisaacdo方li,法in表v明ivo这). 个 蛋白质不稳定。 水稻bZIP 蛋白质 使用protScale疏水性分析：得到bZIP-5为亲水性蛋白,在蛋白质的C末端典型的疏水性区域, 推测可能为信号肽！ 使用SignaIP预测蛋白信号肽：该蛋白没有信号肽 水稻bZIP 蛋白质 水稻bZIP 蛋白质 使用MITOPROT预测蛋白质线粒体、叶绿体信号 肽：该蛋白线粒体信号肽！推测这个蛋白质可 能在线粒体调控基因！ 使用NetNES 1.1 Server预测蛋白质核输出信号肽：没有核输出信号！不在细胞核中！ 水稻bZIP 蛋白质 使用TargetP预测蛋白质亚细胞定位：该蛋白存 在线粒体中,与前面的线粒体信号肽预测结果一致！ 水稻bZIP 蛋白质 使用NetPhos 2.0 Serve预测蛋白质磷酸化位点预测：发现可磷酸化的位点一共有23个： Ser:14;Thr:6; Tyr:3 水稻bZIP 蛋白质 使用SMA