05_蛋白质结构与功能分析_-2说课讲解.pptVIP

在“Modelling”菜单栏下选择“Automated Mode”。 输入建模名称和蛋白质序列，点击提交。 输入建模名称 输入蛋白质序列或AC号 等待结果返回。 说明：分析预测过程可能耗时较长，可待分析完成后再登录查看。 登录界面 SWISS-MODEL的输出结果 NPS@系统中提供的Geno3D蛋白质建模自动服务程序，采用的也是比较建模法。 http://geno3d-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/geno3d_automat.pl?page=/GENO3D/geno3d_home.html (2)Geno3D预测程序 Geno3D蛋白质三级结构预测与建模的步骤如下： 使用PSI-BLAST程序鉴定与已知三级结构的蛋白质同源的蛋白质； 通过一个十分方便的界面，向用户提供所有可供选择的模板； 将待检索序列与模板序列进行对比； 提取待检索序列与模板序列之间相应原子的几何学限定（二面角和距离）； 使用距离几何法构建蛋白质的三维结构； 将结果通过e-mail发送给用户。用户可通过邮件中提供的超链接，下载相关的结果文件（包括“MOLECULAR 3D MODELS”和“OUTPUT DATA ANALYSIS”两类文件）。 对于 *.pdb 类文件，用户可用Rasmol软件打开并显示蛋白质分子的三维结构。 折叠识别建模法 在没有已知三级结构的同源蛋白存在的情况下，可采用折叠