药物生物信息学.pptxVIP

第十章　 药物生物信息学 ;第一节 药物生物信息学概论 ;一、概念 ;生物信息学就是在上述背景下发展起来的综合应用生物学、数学、物理学、信息学、计算机科学等诸多学科的理论方法的崭新交叉学科，它研究的材料是生物学数据库，而采用的方法则是从计算机技术衍生而来的 基因组学和生物信息学的研究也改变了新药开发的思路和模式 ; 对基因组计划产生的核酸序列分析一方面可以从本质上认识疾病尤其是遗传疾病的发生原因，为这些疾病的诊断、预防和治疗奠定基础 这些核酸序列本身就是丰富的药物资源，其中蕴藏着大量目前尚不明了的基因，这些基因及其产物可以作为潜在的药物或者药物靶点而开发 药物生物信息学正是在在这种背景和思路下应运而生的 ;药物生物信息学就是综合应用药学、生命科学、数学、计算机等等学科的理论和方法，对伴随基因组计划产生的生物信息进行整理和分析，并应用于药物的设计和开发，以达到合理药物设计目的的一门交叉学科 ;二、药物生物信息学研究和应用的范围 ;1. 核酸序列分析 ;3）基因定位分析 已知序列和基因组的数据比对，可以将基因定位 4）新基因的发现和功能预测 用已知基因的编码区与EST数据库比较，找到感兴趣的EST，再与其它数据库比对，如果是没有克隆的EST，通过引物设计钓出基因，再定位到染色体上。也可以将新基因共过基因序列比较，找到在进化上是同源的基因，从而预测新基因的功能 ;2. 蛋白质序列分析;3. 生物信息学软件 ;4. 计算机辅助药物设计 ;SARS冠状病毒的基因组序列和其他冠状病毒的基因组序列进行多序列比对，发现SARS冠状病毒是一种新的冠状病毒突变体 对11个SARA冠状病毒基因组进行多序列比对分析，发现测序结果几乎完全相同，说明在测序这段时间内，该病毒没有发生较大的转型;根据SARS病毒的生活史，推断SARS3CL蛋白酶在SARS病毒结构基因成熟过程中起重要作用 抑制该酶可以影响病毒的增殖和扩增 在一级结构的基础上预测了三级结构，而且为半胱氨酸蛋白酶 设计了19种半胱氨酸蛋白酶抑制剂类药物进行测试，发现6种可能对SARS有效 ;5. 计算机辅助疫苗设计;6. 生物芯片;基因芯片测???原理;Heller用基因芯片来检测类风湿关节炎病理组织和正常组织基因表达的差异 发现了已知的100多个与类风湿关节炎致病有关的基因表达差异 发现编码IL-6和另外几个金属蛋白酶（包括金属弹性蛋白酶）的基因表达得到增强 弹性蛋白酶可以破坏胶原纤维和组织基底膜层，就为治疗该病提供了新的药物靶标;第二节 核酸序列数据库;一、Genbank;Genban库里的数据来源于约130，000个物种，其中56％是人类的基因组序列 每条Genbank数据记录包含了对序列的简要描述、它的科学命名、物种分类名称、参考文献、序列特征表以及序列本身 ;二、EMBL ;EMBL和Genbank无论是序列的本身，还是对序列的注释，两者的内容完全相同，只是格式有所区别而已，因此进行数据库检索时，只须检索一个即可;第三节 基因组与功能基因组数据库 ;随着许多生物的基因组被测序，特别是人类基因组计划的完成后，科学家们已经开始研究功能基因组学 在mRNA水平上观察基因表达的图谱（转录组）和蛋白质水平观察基因表达的图谱（蛋白质组） 基因组与功能基因组数据库也就开始建立 ;一、GDB ;二、Unigene;三、SGD ;四、TDB;五、AceDB ;六、dbEST;七、TRANSFAC ;八、TRRD ;九、 COMPEL ;十、 CUTG ;第四节 蛋白质序列数据库;一、SWISS-PROT数据库 ;二、PIR数据库 ;三、PROSITE数据库 ;四、PRINTS数据库;五、TrEMBL数据库 ;六、NRL-3D数据库 ;第五节 蛋白质结构数据库;除了生物序列数据库外，生物大分子的三维结构数据库是另一类重要的分子生物学数据库 蛋白质空间结构数据库是随着X射线晶体衍射分子结构测定技术出现而出现的数据库 PDB是一个重要的蛋白质结构数据库，在蛋白质序列数据库诞生之前的20世纪70年代就已经问世 PDB数据库网址为：/pdb ;第六节 蛋白质结构分类数据库;第五节 常用生物软件;一、Primer Premier5.0 ;二、DNAStar ;三、Bandscan ;四、Winplas ;五、Oligo6.0;六、 VectorNTI;七、DNAMAN;八、Readseq;第六节 药物基因组学 ;一、概述 ;个体之间差异性造成的 不同个体对同一药物的不同反应大多数源于个体基因的差异 药物代谢酶、药物转运蛋白、药物作用靶点等药物相关基因的多态性和表达水平不同造成的 最常见的是SNP（单核苷酸多态性）;阐明SNP（单核苷酸多态性）和药物反应之间的关系成为基因组计划后的一个重要方