微阵列芯片[文字可编辑].ppt

31 DNA 序列突变检测分析的两种方法 可靠性低 可靠性高 32 SNP 分析 信号强 无信号或弱信号 33 基因组功能表达 ? 华大研究中心的水稻全基因组芯片 34 微阵列芯片检测结果的分析 35 微阵列芯片检测结果的分析流程 ? 微阵列芯片图像处理 ? 数据的获取 ? 存储与显示 ? 数据归一化 ? 芯片数据的统计学分析 ? 芯片数据的生物学分析 36 微阵列芯片图像处理 ? 一个理想的微阵列芯片图像具有以下几 个性质： – 芯片单元的形状和尺寸相同 – 无灰尘等引起的噪声信号 – 每个单元的中心位于像素点上 – 最小和均匀的图像背景强度 ? 通常难以找到理想的芯片，所以必须对 芯片图像进行处理 37 微阵列芯片图像处理 ? 图像预处理 – 减少污点、噪声以及各种影响因素的干扰 ? 芯片阵列点定位 – 通过手工输入芯片参数，产生大致的粗网格， 然后再通过基于形状、亮度、方向敏感性的 自动搜索方法进行精确定位 ? 荧光信号提取 – 将背景信号滤除掉 ( 一般为平均光密度 ) – 减少或消除不同芯片图像的荧光强度差异， 如归一化法 38 芯片数据的提取与可视化 ? 数据指标 – 光密度积分值 ( 样品班点内各像素的光 密度值之和 ) – 平均光密度值 ( 光密度积分值除以样品 斑点内像素总数 ) – 样品斑点面积 ( 斑点内像素总数 ) – 样品斑点内光密度最大值与最小值 39 芯片图像数据显示 ? 伪彩色阵列图 – 使用不同颜色来表示不同的光密度 ? 饼图 – 描述芯片阵列各点两种荧光探针表 达的程度 ? 散点图 ? 直方图 40 伪彩色阵列图 41 散点图 42 数据归一化 ? Ratios 值的引入： – 微阵列表达数据由于实验条件 与芯片的因素，检测到的信号强度 往往与细胞中实际的 mRNA 丰度之 间无对应关系 43 数据归一化 ? 差异产生的原因 – 荧光染料混合量的差异 – mRNA 量的不同 – 不同的扫描仪 ? 方法 – 一般取 log 2 R/G 1 微阵列芯片 Microarray 2 OUTLINE ? 微阵列芯片概述 ? 微阵列芯片如何工作？ ? 微阵列芯片设计 ? 两种主要的微阵列芯片 ? 基于芯片的序列分析 ? 微阵列芯片检测结果的分析 ? 微阵列数据库 3 微阵列芯片概述 4 什么是微阵列芯片？ ? 简单的概念 ： 点样 + 杂交 ? 定义： – 将 探针 有规律地排列固定于 载体 上， 与标记荧光分子的样品进行 杂交 ，通 过扫描仪扫描对荧光信号的强度进行 检测 ，从而迅速得出所要的信息 ? Gene array, DNA array, microarray, biochip, DNA chip, GeneChip? 5 微阵列芯片的种类 ? 基因芯片 (Gene microarray) ? 蛋白芯片 (Protein microarray) ? 组织芯片 (tissue microarray ) ? 芯片实验室 (Lab-on-a-chip) 6 基因芯片 基因芯片 7 微阵列芯片 组织芯片 蛋白芯片 8 芯片实验室 芯片实验室 9 微阵列芯片历史 ? 1990 年 Affymetrix 公司首次实现微阵列芯 片技术 ? 1995 年正式运用于基因表达分析 ? 发明了微阵列点样仪 ? 著名的《财富》杂志曾这样评价基因芯 片的历史意义： – “在 20 世纪的科学史上，有两件大事值得大写特写， 一个是计算机的发明，它改变了我们的经济和文化； 第二是微阵列芯片的发明，它将变更整个生命医学， 极大地提高人类的健康水平。” 10 微阵列芯片能给我们带来什么？ ? 基因表达分析 – 同一物种不同组织 – 不同物种相同组织 ? 药物筛选 ? 检测疾病 – 癌变组织与非癌变组织 ? 指导用药及治疗方案 ? 司法鉴定 11 微阵列芯片如何工作？ 12 杂交 ( Hybridization ) 样品用荧 光标记 杂交原理 Same idea, better use 13 微阵列