系统进化树的构建 图文精选.pptVIP

实验三 . 系统发育分析软件的使用 分子系统发育分析 ? 系统发育分析研究是研究物种 进化和系统 分类 的一种方法，研究对象为携带遗传信 息的 生物大分子 序列，采用特定的数理统 计算法来计算生物间的 进化关系 。并用 系 统进化树 ，即一种类似树枝状得图形来概 括生物间的这种亲缘关系。 分子系统发育分析 ? 系统发育进化树（ Phylogenetic tree) 用一种类似树状分支的图形来概括各种生物之间的亲缘关系。 ? 系统进化树的主要构成： 结点（ node) ：每个结点表示一个分类单元（属、种群）。 进化分枝 (Clade) ： 是指由同一生物进化而来的单一系统群。 实体抽象为节点，实体间的进化关系抽象为连接 分子系统发育的 核心 为构建系统发育进化树 人 猩 猩 狒 狒 外 群 分支 长度 根 进化支 结 点 系统进化树（ 1 ） 系统发育进化树示例 ? 进化拓扑结构： 进化树中不同枝的拓扑图形。 ? 根：所有分类的共同祖先。 ? 结点：表示一个分类单元。 ? 进化支：两种以上生物（ DNA 序 列）及其祖先组成的树枝。 ? 进化分支：进化关系的图形表示 ? 进化分支长度： 用数值表示的进化枝的变化程度 （遗传距离） ? 距离标尺： 生物体或序列之间差异的的 数字 尺度。 ? 外群： 与分析序列相关的生物序列且具 有较远的亲缘关系 距离标尺 一个单位 结点 多序列比对（自动比对，手工校正） 选择建树方法 建立进化树 进化树评估 系统发育树重建分析步骤 ? 1. 距离法 (distance ） 适用序列有较高相似性时 ? 2. 最大简约法 (maximum parsimony, MP) 适用序列有很高相似性时 ? 3. 最大似然法 (maximum likelihood, ML) – 可用于任何相关序列集合 1. 基于序列距离特征 2+3 基于序列离散特征 ? 计算速度： – 距离法 最大简约法 最大似然法 系统发育树重建的基本方法 系统发育树重建分析过程 直系同源序列 合理的外群 点阵法 动态规划法 字串法 系统发育树构建的相关软件 ? ClustalX （ 序列比对软件 ） ? ModeltestMrModeltest( 碱基替换模型筛选软件 ) ? PHYLIP ? MEGA ? PHYML ? PAUP ? BEAST ? Figtree ( 树形显示软件 ） ? TreeView （ 树形显示软件 ） 系统发育树构建软件 ? 构建ＮＪ树，可以用 PHYLIP 或者 MEGA ? 构建 MP 树，可以使用 PHYLIP 或者 MEGA ? 构建 ML 树可以使用 PHYML ，速度快，同时构建 ML 树还可以用 PHYLIP ， ? 贝叶斯的算法以 MrBayes 为代表，不过速度比较慢 关于系统发育分析的更多知识请参阅： /biology/bioinfo2/78842.shtml ? 实例讲解 下面的内容将教大家如何来构建自己的系统进化树。 首先我们需要回忆一个很重要的问题，什么是 Fasta 格式 ? 在生物信息学中， FASTA 格式（又称为 Pearson 格式），是一种基于文本 用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基 酸用单个字母来编码，且允许在序列前添加序列名及注释。序列文件的 第一行是由大于号“”或分号“ ; ”打头的任意文字说明（习惯常用“” 作为起始），用于序列标记。从第二行开始为序列本身，只允许使用既 定的核苷酸或氨基酸编码符号。 ? 构建我们自己的 Fasta 文件 Fasta 文件是直接可以从数 据库中下载得到的，但是 根据实际要求的不同，有 时候我们需要自己构建 Fasta 文件。 如果您已近有了想用来构 建进化树的序列，您可以 如右图所示构建自己的文 件，文件的保存格式是： 文件名 .txt ? 实例讲解 下面我们以版纳病毒为例，构建系统进化树。 首先我们要下载我们所需的序列。 / ? 实例讲解