创腾科技2011生命科学暑期培训班教程Discover Studio全新药物设计.pdfVIP

单击此处编辑母版标题样式 创腾科技2011生命科学暑期培训班教程 Discovery Studio全新药物设计 单击此处编辑母版副标题样式 Copyright ©2011, Neotrident Technology Ltd. All rights reserved. 引例1：基质金属蛋白酶抑制剂设计 课题背景：基质金属蛋白酶MMPs 的过表达同许多病理生理过程相关联，包括血管性 疾病、多发性硬化症、阿尔兹海默症及癌症等。其中，研发MMP 抑制剂用以阻止癌症 转移已经成为当前研究的热点。典型的MMP 抑制剂都包含有锌离子结合基团（ZBG ） 单击此处编辑母版标题样式 单击此处编辑母版副标题样式 Zn How？ 欲设计MMP抑制剂需保留ZBG结构，并在C原子上增加与aa具有相互作用的基团 引例1：基质金属蛋白酶抑制剂设计 文中考虑了受体的柔性，将蛋白进行MD 模拟，得到3001个构象做后续的研究 单击此处编辑母版标题样式 单击此处编辑母版副标题样式 引例1：基质金属蛋白酶抑制剂设计 MD LUDI 单击此处编辑母版标题样式 MD 单击此处编辑母版副标题样式 Docking Score 引例1：基质金属蛋白酶抑制剂设计 单击此处编辑母版标题样式 单击此处编辑母版副标题样式 UD2a U97 UD2a+U97 全新药物设计 概念：根据靶标分子结合位点的几何性质和化学性质，设计出 与其相匹配的具有全新结构的化学结构 Receptor Ligand 单击此处编辑母版标题样式 docking 单击此处编辑母版副标题样式 De novo 主要内容 • MCSS: 基于片段的药物设计（FBDD）工具 • Ludi : 全新配体设计工具 - De Novo Receptor - De Novo Link 单击此处编辑母版标题样式 - De Novo Evolution - De Novo Library Generation • De Novo ligand builder :基于药效团的从头药物设计方法 单击此处编辑母版副标题样式 O