2019精选医学第十一章微生物分类.ppt

3. 计算两菌株间的相关系数： 计算机运用专 门编写的程序，对 OTU 进行两两比较，最后计算 出 OTU 之间总的相似系数。 4. 列出相似度矩阵： 由计算机计算各 OTU 之 间的相似性并根据相似性的数值进行聚类分析、 分群归类，得到相似度矩阵，即 S 矩阵。例如我们 对 10 个菌株进行数值分类，经过系统聚类得到 图 A 的 S 矩阵，相似度为百分数， 100 表示每个 OTU 自 己与自己相比，自然全同。 将相似度高的和低的分别列在一起，结果得到 图 B 所示的矩阵。 10 个菌株的相似度矩阵 对 10 个菌株进行数值分类，经过系统聚类得到 图 A 的 S 矩阵 5. 系统聚类和结果的表示： 数值分类结果可用多 种方法表示，其中树状谱图由于直观明确而最常用。 从 图 A 所示的 S 矩阵看不出这 10 个菌株的相互关系， 因此需要对矩阵进行重新处理，将相似度高的和低 的分别列在一起，结果得到 图 B 所示的矩阵再转换成 能显示这 10 个菌株相互关系的树状谱 ( 图 C ) 。 由于数值分类法是按大量表型特征的总相似性 进行分类的，故其结果不可能直接反映系统发育的 自然规律，因此，由数值分类法获得的类群只能称 为 表元 （ phenon ）或 表观群 （ phenotic group ），而不 能当做严格的分类单元。 图 C 10 个菌株间相似度的树状谱 虚线表示各菌株相似度的水平，可用作属 与种两个不同层次的分类单元 第三节 微生物的分类系统 一、生物的界级分类学说 两界系统 三界系统 四界系统 五界系统 六界系统 20 世纪 70 年代末美国的伍斯（ Woese ）等人对大 量微生物和其他生物进行 16S rRNA （或 18S rRNA ） 的寡核苷酸测序，并比较其同源性水平后，首次提 出了生命第三种形式—— 古菌 的存在。 随后他及其同事们又对大量菌株进行 16S rRNA （或 18S rRNA ）序列研究，相继发现极端啫盐菌和 极端嗜酸嗜热菌也和产甲烷菌一样，具有既不同于 其他细菌也不同于真核生物的序列特征，而它们之 间 则 具 有 许 多 共 同 序 列 ， 从 而 提 出 了 三 域 学 说 （ Three Domains Theory ），即将生物分为三域： 古 菌域、细菌域 和 真核生物域。 第十一章 微生物的分类 教学重点 1. 微生物的分类单元与命名 2. 微生物的分类方法 3. 微生物的分类系统 4. 微生物的鉴定方法 微生物分类学是研究微生物分类理论 和技术方法的科学。其目的是研究各类微 生物的特征及其亲缘关系，为微生物资源 的利用、控制和改造提供理论根据。其内 容包括 分类（ classification ） 鉴定 (identification) 和 命名 (nomenclature)3 部分 。 目前，已记载过的生物种数约为 150 余万 种，其 中微生物为 10 ～ 20 万 种，而且还在急剧的扩大。 分类 是根据一定的原则对微生物分群归类，根 据相似性或相关性水平排列成系统，并描述各个类 群的特征。 鉴定 是指借助于现有的微生物分类系统，通过 特征测定，确定某一微生物应归属类群的过程，通 过鉴定可达到知类、辨名的目的。 命名 是根据国际命名法规，为一个未知名字的 新培养物确定其学名的过程。 生物种类极其繁多。据估计，目前人们已鉴定 命名的约有 200 万种，其中微生物约有 20 万种。 生物分类原则 根据表型特征 根据生物系统发 育相关性水平 形态学、生理 生化学、生态学等。 重在应用，不涉及 进化和亲缘关系 。 探寻进化关 系，反映生物系 统发育过程。 微生物分类学是研究微生物分类理论和方法的学科。 第一节 微生物的分类单元与命名 一、微生物的分类单元 分类单元（ taxon ，复数 taxa ）是指某一个具体 的分类群，如原核生物界（ Procaryotae ）中的大肠