16SrRNA基因序列分析在原核生物种的分类中的应用.pptVIP

16SrRNA基因序列分析—物种鉴定和系统进化树构建 16S rRNA 基因序列是编码 rRNA 相对应的 DNA序列，存在于所有原核生物的基因组中。 16S rRNA 在众多的生物系统发育相关性水平指标中，16SrRNA 基因序列由于具有如下特征： (1) 具有重要且恒定的生理功能； (2) 既含有高度保守的序列区域，又有中度保守 和高度变化的序列区域； (3) 基因序列长度适中； (4) 普遍存在于原核生物中且易于提取。 因此最适合于揭示各原核生物的亲缘关系，确定各原核生物彼此系统发育相关性或进化距离。16SrRNA 基因序列也因此被公认为是一把好的谱分析的“分子尺”。 特征 细菌基因组的提取 特异引物扩增 １６ＳｒＤＮＡ序列 验证ＰＣＲ产物 扩增是否成功 ＤＮＡ测序获得 １６ＳｒＤＮＡ序列 与数据库中已知 细菌比较获得样品 种属信息 选取近似菌种序列 构建系统发育树 【基本步骤】 判断16SrＤＮＡ序列扩增是否成功： 经琼脂糖凝胶电泳在1500bp附近出现条带，说明16s rDNA已经扩增成功.由于16s rDNA序列长度一般1500bp左右。 DNA测序获得16SrRNA处理后得到的结果 GCATGCGGCGTGCTATACATGCAAGTCGAACGAACTCTGGTATTGATTGGTGCTTGCATCATGATTTACATTTGAGTGAGTGGCGAACTGTGAGTAACACGTGGGAAACCTGCCCAGAAGCGGGGGATAACACCTGGAAACAGATGCTAATACCGCATAACAACTTGGACCGCATGGTCCGAGTTTGAAAGATGGCTTCGGCTATCACTTTGGATGGTCCCGCGGCGTATTAGCTAGATGGTGGGGTAACGGCTCACCATGGCAATGATACGTAGCCGACCTGAGAGGGTAATCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCACAATGGACGAAAGTCTGATGGAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGGGTTTCGGCTCGTAAAACTCTGTTGTTAAAGAAGAACATATCTGAGAGTAACTGTTCAGGTATTGACGGTATTTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGATTTATTGGGCGTAAGCGAGCGCAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCTTCGGCTCAACCGAAGAAGTGCATCGGAAACTGGGAAACTTGAGTGCAGAAGAGGACAGTGGAACTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTGTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGTATGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCATACCGTAAACGATGAATGCTAAGTGTTGGAGGGTTTCCGCCCTTCAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCATTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCTACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATACTATGCAAATCTAAGAGATTAGACGTTCCCTTCGGGGACATGGATACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTATCAGTTGCCAGCATTAAGTTGGGCACTCTGGTGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGATGGTACAACGAGTTGCGAACTCGCGAGAGTAAGCTAATCTCTTAAAGCCATTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCTGAGAGTTTGTAACACCCAAAGTCGGTGGGGTAACCTTTTAGGAACCAGCCGCCTAAGGTGACAGAGATGG 16S rRNA的系统发育分析 NCBI B