蛋白质结构与功能的生物信息学研究.pdfVIP

. 实验名称：蛋白质结构与功能的生物信息学研究 实验目的 ：1.掌握运用 BLAST工具对指定蛋白质的氨基酸序列同源性搜索的 方法。 2.掌握用不同的工具分析蛋白质的氨基酸序列的基本性质 3 掌握 蛋白质的氨基酸序列 进行三维结构的分析 4.熟悉对 蛋白质的氨基酸序列 所代表蛋白的修饰情况、所参与的 代谢途径、相互作用的蛋白，以及与疾病的相关性的分析。 实验方法和流程： 一、 同源性搜索 同源性从分子水平讲则是指两个 核酸分子的 核苷酸 序列或两个蛋白质分子 的氨基酸序列间的相似程度。 BLAST工具能对生物不同蛋白质的氨基酸序列或不 同的基因的 DNA 序列极性比对，并从相应数据库中找到相同或相似序列。对指 定的蛋白质的氨基酸序列进行同源性搜索步骤如下： ↓ 登录网址 web.expasy.org/blast/ . . ↓ 输入序列后 ,运行 blast 工具 ↓ 序列比对的图形结果显示 序列比对的图形结果 ：用相似性区段（ Hit ）覆盖输入序列的范围判断两个序列 的相似性。如果图形中包含低得分的颜色 （主要是红色 ） 区段，表明两序列的并非完全匹配。 . . ↓ 匹配序列列表及得分 各序列得分 可选择不同的比对工具 备注 : Clustal 是一款用来对 ()的软件。 可以用来发现特征序列， 进行蛋白分类，证明序 列间的同源性，帮助预测新序列二级结构与三级结构，确定 PCR 引物，以及在 分子进化分析方面均有很大帮助。 Clustal 包括 Clustalx 和 Clustalw( 前者是图形化 界面版本后者是命令界面 )，是生物信息学常用的多序列比对工具。 该序列的比对结果有 100 条，按得分降序排列，其中最大得分 2373 ，最小得分 分为 1195. ↓ 详细的比对序列的排列情况 . . 第一个匹配 序列 第一个序列的匹配率为 100% Score 表示打分矩阵计算出来的值，由搜索算法决定的，值越大说明匹配程度 越大。