《查找启动子区》.ppt

查找启动子区;目的： 寻找promoter区域 预测核心启动子区 ;寻找promoter区域;NCBI数据库;寻找promoter区域;选择Ensembl或者HGNC_，进入ensembl分析;寻找promoter区域;寻找promoter区域;寻找promoter区域;1. 选择基因示意图： 1）.向下查看“Genomic regions, transcripts and products” 2）. 将鼠标放在Genes的”NR_”示意图上， 3）. 在弹出的窗口中点击 2. 点击”FASTA View，序列范围表示NR_的位置。 出现该基因的实际序列，第一个序列的位置表示“起始位置” 3. 调整显示位置：将起始位点先前排1000bp，向后排1000bp。 更改后的位置认为是启动子区。 ;UCSC数据库;寻找promoter区域;寻找promoter区域;寻找promoter区域;寻找promoter区域;寻找promoter区域;寻找promoter区域;寻找promoter区域;寻找promoter区域;寻找promoter区域;寻找promoter区域;寻找promoter区域;寻找promoter区域;寻找promoter区域;寻找promoter区域;寻找promoter区域;寻找promoter区域;寻找promoter区域;第一个大写字母以后就是mRNA序列，但该序列包含外显子和内含子，是未经剪切修饰的mRNA, 图中两段大写字母中间的小写字母便为内含了序列。;Ensemble数据库;寻找promoter区域;寻找promoter区域;寻找promoter区域;寻找promoter区域;寻找promoter区域;寻找promoter区域;寻找promoter区域;Genecopoeia公司;寻找promoter区域;寻找promoter区域;EPD数据库;寻找promoter区域;预测 核心启动子区;Transcript start site (TSS) 附近-60bp到+40bp是核心启动子区，是精确转录必须的最小单元。 CpG岛是一段200 bp 或更长的DNA 序列,核苷酸G+C 的含量较高,并且CpG双核苷酸的出现频率占G+ C 含量的50%以上。许多脊椎动物的启动子区都与CpG岛的位置重合。 ;常见的在线预测工具有： 真核启动子数据库第85版（The Eukaryotic Promoter Database Current Release 85 ，EPD，http://www.epd.isb-sib.ch/ ）http://epd.vital-it.ch/ 转录起始位点数据库：http://dbtss.hgc.jp/ 该数据库主要包括人，小鼠等常见生物的基因转录起始位点及该基因启动子的可能情况。 Promoter scan (/molbio/proscan/ ),? Promoter2.0 Prediction Server (http://www.cbs.dtu.dk/services/promoter/ )? 神经网络启动子预测器 NNPP（/seq_tools/promoter.html ） Soft Berry ( ) Dragon Promoter Finder (.sg/promoter )（好像不能用了？）;FirstEF (/tools/FirstEF/ ) UROGENE (/methprimer/ )，可用于位点甲基化的预测 CpGPlot/CpGReport/Isochore (http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/)CpGProD (http://pbil.univ-lyon1.fr/software/cpgprod_query.html)CpG Island Searcher (/；/)CpG Prediction (http://www.ualberta.ca/~stothard/jaascript/cpg_islands.html)