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生物信息学复习题 一、 名词解释 生物信息学 , 二级数据库 , FASTA序列格式 , genbank 序列格式 , Entrez ，BLAST，查询序列（ query ），打分矩阵（ scoring matrix ），空位（ gap），空位罚分， E , 低复杂度区域，点矩阵（ dot matrix ），多序列比对，分子钟，系统发育 （ phylogeny ），进化树的二歧分叉结构， 直系同源，旁系同源，外类群，有根树， 除权配对算法（ UPGMA），邻接法构树，最大简约法构树，最大似然法构树，一致 树（ consensus tree ），bootstrap ，开放阅读框（ORF），密码子偏性（codon bias ），基因预测的从头分析法，结构域（ domain），超家族，模体（ motif ），序列表谱 profile ），PAM矩阵， BLOSUM， PSI-BLAST，RefSeq，PDB数据库， GenPept，折叠子， TrEMBL， MMDB， SCOP， PROSITE， Gene Ontology Consortium ，表谱 profile ）。 二、 问答题 1）生物信息学与计算生物学有什么区别与联系 2）试述生物信息学研究的基本方法。 3）试述生物学与生物信息学的相互关系。 4）美国国家生物技术信息中心（ NCBI）的主要工作是什么请列举 3 个以上 NCBI 维护的数据库。 5）序列的相似性与同源性有什么区别与联系 6）BLAST套件的 blastn 、 blastp 、 blastx 、tblastn 和 tblastx 子工具的用途 什么 7）简述 BLAST搜索的算法。 8）什么是物种的标记序列 9）什么是多序列比对过程的三个步骤 10）简述构建进化树的步骤。 11）简述除权配对法（ UPGMA）的算法思想。 12）简述邻接法（ NJ）的算法思想。 13）简述最大简约法（ MP）的算法思想。 14）简述最大似然法（ ML）的算法思想。 15）UPGMA构树法不精确的原因是什么 16）在 MEGA2软件中，提供了多种碱基替换距离模型，试列举其中 2 种，解释其含义。 17）试述 DNA序列分析的流程及代表性分析工具。 18）如何用 BLAST发现新基因 19）试述 SCOP蛋白质分类方案。 20）试述 SWISS-PROT中的数据来源。 21）TrEMBL哪两个部分 22）试述 PSI-BLAST 搜索的 5 个步骤。 三、 操作与计算题 1）如何获取访问号为 U49845的 genbank 文件解释如下 LOCUS行提供的信息：  genbank 文件的 LOCUS  SCU49845  5028 bp  DNA  linear  PLN 21-JUN-1999 2）利用  Entrez  检索系统，对核酸数据搜索，输入如下信息，将获得什 么结果： AF114696:AF114714[ACCN]。 相比使用 BLAST套件搜索数据库， BLAST2工具在结果呈现上有什么优点 4）MEGA2如何将其它多序列比对格式文件转化为 MEGE格式的多序列比 对文件 5）什么简约信息位点  Pi 6）以下软件的主要用途是什么 RepeatMasker,  CpGPlot,  Splice  View,  Genscan, ORF finder, neural network promoter prediction. 7) 位得分 = -1  为下面的序列比对确定比对得分：匹配得分。  = +1 ，失配得分  = 0 ，空 TGTACGGCTATA TC - -CGCCT  –TA 用 UPGMA重建系统发生树，距离矩阵如下： 物种 A B C D B 9 C 8 11 D 12 15 10 E 15 18 13 5 9）画出 4 个物种的 3 棵不同的无根树 . 这 4 个物种在某位置上的核苷酸分别是 T,T,C 和 C,为每个内部节点推断的祖先序列标出最可能的候选核苷酸， 3 棵可能的无根树中有几棵是一样简约的 ( 因为他们有最小替换数 ) 有几棵树的替换树是 2 有大于 2 个替换的树吗 10）如何将所研究的蛋白质与其他相关蛋白质做结构比对。 答案部分 一、名词解释： 生物信息学： 研究大量生物数据复杂关系的学科，其特征是多学科交叉，以互 联网为媒介，数据库为载体。 利用数学知识建立各种数学模型 ; 利用计算机为工具对实验所得大量生物学数据进行储存、 检索、处理及分析， 并以生物学知识对结果进行解释。 二级数据库：在一级数据库、 实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而 来，是对生物学知识和信息的进一步的整理。 P11，第 2 段。 FASTA序列格