基于填充测序的肉用西门塔尔牛肌肉特异性候选基因的鉴定和验证.pdfVIP

摘 要 全基因组关联研究（GWAS ）通常用于发现控制畜禽重要经济性状的候选基因。本研究的目的是 发掘与牛后躯体尺和净肉重性状有关的潜在候选基因。二代测序（NGS ）填充得到的数据集包含1200 万个单核苷酸多态性（SNP ）（来自1252 个中国肉用西门塔尔肉牛），使用线性混合模型分析配合单 倍型和LD 座方法研究影响后肢性状的基因位点。基于严格的统计阈值（P = 0.05 / SNP 的有效数 量），我们在BTA4 区域中发现了202 个与后腿宽度相关的SNP。检索这些SNP 周围的区域后，我们 发现了相关的候选基因。更重要的是，我们在BTA4 上确定了一个大约280 kb 的区域，该区域包含有 几个肌肉发育的潜在基因。但是，我们还在BTA4 上发现了与骨骼疾病（例如软骨发育不良）相关的 候选基因SLC13A1。在净肉重中，我们在BTA4 中鉴定出一个SNP （chr4：100670823）超过了我们 的严格阈值（p = 8.58×10-8 ），因此，该SNP 被列为与净肉重有关的候选QTL 。我们在西门塔尔牛中 进一步鉴定了与该标记相关的候选基因MTPN 。在GWAS 之后，需要进行基本验证，不仅要对基因功 能进行严格分析，而且还要验证所检测基因的生物学意义。因此，我们使用体外细胞培养实验对我们 的候选基因进行验证。用不同浓度的肌营养蛋白（MTPN ）处理细胞并用qRT-PCR 检测肌发生的标记 基因。我们发现到肌营养蛋白对调节分化和肥大的六个与肌肉相关的标志基因表达具有刺激作用。我 们还研究了肌营养蛋白对细胞核数量，融合指数和肌管直径的影响。值得注意的是，不同浓度的 MTPN 对上述实验有促进作用，使我们得出结论，肌养蛋白不仅对牛成肌细胞的分化有促进作用，而 且还促进骨骼肌肥大。此外，我们通过CCK-8 增殖测定和流式细胞术研究了肌养蛋白对骨骼肌增殖的 影响。出人意料的是，肌营养蛋白对肌肉细胞增殖具有相反的作用。总而言之，肌营养蛋白能够增加 骨骼肌细胞的分化和肥大，而对骨骼肌细胞的增殖却具有抑制的作用。我们的研究试图通过结合 GWAS 分析和分子实验来鉴定中国肉用西门塔尔肉牛的肌肉特异性候选基因。我们希望我们的发现为 肉类科学行业以及进一步的学术研究提供有用的信息。 关键词：全基因组关联研究，候选基因，二代测序，基因功能验证，中国肉用西门塔尔牛 III ABSTRACT Genome-wide association studies (GWAS) have commonly been used to identify candidate genes that control economically important traits in livestock. Our objective was to detect potential candidate genes associated mainly with muscle development traits related to dimension of hindquarter and net meat weight and validate these candidate genes in cattle. A next generation sequencing (NGS) dataset to imputed to 12 million single nucleotide polymorphisms (SNPs) (from 1252 Simmental beef cattle) were used to search for genes affecting hindquarter traits using a linear mixed model. We also used haplotype and LD blocks to further support our identifications. We identified 202 significant SNPs in the BTA4 region associated with width of hi