基于连锁和关联分析的水稻耐盐性QTL定位与候选基因发掘.pdfVIP

摘 要 土壤盐渍化是妨碍作物正常生长, 影响作物高产稳产和种植面积扩大的重要限制性因素。种 植水稻是改良和利用盐渍化土壤的经济有效途径之一, 而水稻耐盐性遗传改良是在盐渍化土壤种 植水稻的基础。水稻耐盐基因定位是水稻耐盐基因克隆和分子育种的必要条件, 对推动水稻耐盐 育种具有重要意义。本研究针对至今关于水稻耐盐QTL 初步定位报道较多, 而发掘耐盐基因较为 困难的难题, 通过水稻耐盐性梯度试验, 建立耐盐性鉴定评价技术方法; 以RIL 群体和关联群体 为研究材料, 在温室和田间盐胁迫环境下开展分蘖期耐盐性的多年重复鉴定评价; 利用全基因组 重测序技术, 通过连锁分析和全基因组关联分析分析策略, 定位水稻耐盐性QTL 位点; 在盐胁迫 和正常环境下, 对RIL 群体2 个亲本以及耐盐显著差异家系开展RNA-seq 分析, 利用生物信息学 方法进行水稻耐盐候选基因预测分析。其研究结论如下： 1 明确水稻分蘖期耐盐性鉴定的最适盐胁迫浓度为 0.5%, 表型调查最佳时间为盐胁迫处理 4-6 周后, 以耐盐等级作为评价指标, 可以准确鉴别水稻种质耐盐性差异。利用此鉴定方法对2886 份水稻种质资源进行耐盐性鉴定, 筛选出 137 份相对耐盐种质, 为水稻耐盐遗传机理研究和新品 种选育提供重要的资源支撑。 2 由吉冷1 号×密阳23 构建的RIL 群体中, 检测到 1.81M 高质量SNP 标记, 利用“滑动窗 口”策略将上述SNP 标记简化为3061 个Bin 标记。构建总长1408.03 cM、平均间距0.48 cM 的 高密度遗传图谱。该遗传图谱与水稻参考基因组具有较高的共线性, 能够快速准确定位株高、生 育期等高遗传力性状相关基因。基于上述RIL 群体耐盐性鉴定结果, 定位了 12 个耐盐相关QTL 位点, 其中6 个是在不同环境下能够重复检测到的稳定QTL 。搜索稳定 QTL 置信区间内已克隆 基因, 筛选到4 个已知水稻耐盐相关基因：OsNAPL6、OsRR22、ONAC106 和ONAC063。 3 利用关联群体开发了1.31M 高质量SNP 标记, 估计群体LD 衰减距离约为475 kb, 可将群 体划分为2 个亚群。结合群体耐盐性鉴定数据, 筛选到145 个水稻耐盐相关SNP 标记, 位于19 个 QTL 上。其中4 个是在不同环境下能够重复检测到的稳定QTL 。在稳定QTL 附近, 筛选到2 个 已经克隆水稻耐盐相关基因：OsDREB1D 和OsRR22, 5 个未克隆渗透调节物质运输相关基因，可 作为水稻耐盐候选基因。 4 通过水稻耐盐性差异转录组分析, 筛选到 515 个水稻耐盐相关特异转录表达转录本, 分布 于480 个基因上, 其中有10 个基因已经克隆, 进一步验证了这些基因通过差异表达影响水稻盐胁 迫反应。经比较转录组分析筛选出的水稻耐盐特异差异表达基因中, 有20 个基因位于QTL 位点 的置信区间内, 重点关注 Os02g0574100 和 Os11g0256300, 作为影响水稻耐盐遗传调控的候选基 因, 有待进一步开展基因功能验证。 关键词：水稻, 耐盐性, 连锁分析, 关联分析, 转录组测序 I Abstract Soil salinization is an important restrictive factor that hinders the normal growth of crops, affects high and stable crop Fields and the expansion of planting area. Rice planting is one of the economical and effective ways to improve and utilize saline soil, and genetic improvement of rice salt tolerance is the basis for planting rice in saline soil. The mapping of rice salt-tolerance genes is a necess