比较转录组分析鉴定比克氏棉色素腺体延缓发生相关基因.pdfVIP

摘 要 棉花属于锦葵科棉属植物，植物学上称为陆地棉。棉花是主要的工业作物之一，可以提供天然纤 维和工业用油。棉花常被称为“白金”，因为作为主要的国际商品之一，棉花产量的多少与全球的纺 织品消费相匹配。澳洲野生棉具有种子无腺体性状，而种子萌发后幼苗、茎和叶都转变为有腺体。比 克氏棉属于澳洲野生棉，它的种子是无腺体，但是植株的其它部分有腺体。本研究旨在探索比克氏棉 种子色素腺体延缓发生的机制。总共构建了21 个RNA-seq 文库，分别来源于两部分实验的 12 个样品 和 9 个样品。第一部分实验我们比对了比克氏棉无腺体种子和亚洲棉有腺体种子，以及比克氏棉和亚 洲棉的有腺体子苗。第二部分实验包括比克氏棉无腺体的胚珠和有腺体茎和叶。高通量测序技术用以 分析和鉴定这些棉花材料种子和子苗里腺体相关基因的表达模式。所有21 个样品包含3 个生物学重复， 两部分实验分别获得了131.33Gb 和63. 93Gb 原始数据。从上述数据中总共获得了7176 和2153 个差异 表达基因。 第一部分实验筛选到7196 个差异表达基因（DEGs ）包含3716 个上调表达基因和3480 个 下调表达基因，第二部分2153 个差异表达基因（DEGs ）包含1176 个上调表达基因和977 个下调表达 基因。GO 和 KEGG 注释分析鉴定了有腺体子苗和无腺体种子特有的基因功能。基因共表达网络分析 揭示4 个模块与无腺体种子表型高度相关。加权基因共表达网络分析（WGCNA ）用以鉴定每个模块的 核心基因。最终，我们挑选了 13 个在转录组中差异表达的基因用 qRT-PCR 进行了验证，涉及转录因 子、蛋白和MYB 相关基因。这些基因可能在腺体延缓发育性状中起到重要作用。本研究对种子和植株 无腺体性状相关基因进行了全面的分析，为将来基因功能分析奠定了基础。 关键词: 比克氏棉，RNA 测序，差异表达基因，基因本体论，KEGG 通路分析 I Abstract Cotton belongs to family Malvaceae and its genus is Gossypium and botanically it is known as Gossypium hirsutum L. Cotton is one of the major industrial crops that supply natural fibers and oil for industries. Cotton is known as white gold. Cotton is one of the major commodities whose global production more or less matches with world mill consumption. The Australian wild species has a special trait of glandless seed and converted into glanded after the germination stages seedling, leaf and stem. The Gossypium bickii is a one of which has a special characteristic that glandless seeds but glanded in other part of plant. This study was conducted to understand the mechanism of delayed gland morphogenesis in seeds of Gossypium bickii. A total of 21 RNA- seq libraries were generated in two different parts. The 1st part was based on 12 RNA-seq samples, while the 2nd part is consisting of Nine RNA-seq samples. The 1st experiment we have compared imbibed gland