超级稻内2优6号产量性状QTL的定位.pdfVIP

摘 要 水稻是世界上最重要的粮食作物之一，对高产品种产量性状的解析在保证粮食安全上有重要 意义。水稻产量三要素为有效穗数、每穗粒数和千粒重。内2 优6 号是一个高产优质的三系超级 籼稻品种，本研究利用其亲本内2B （Nei2B ）和中恢8006 （R8006 ）创新性地构建了重组自交姊 妹系群体，随后利用全基因组重测序技术构建高密度遗传图谱并对产量性状 QTL 进行定位以及 验证，所得主要结果如下： 1、构建来源于杂交稻亲本内2B/R8006 的重组自交姊妹系，自F7 代一个家系从中挑选2 个 单株继续自交至F15 代完全无分离为止。在F15 从重组自交姊妹系中选取386 个单株进行全基因组 重测序。一共获得了1.05T 的数据。双亲内2B 和R8006 平均测序深度分别为60.48-fold 和79.38-fold 。 386 个重组自交姊妹系的平均测序深度是 8.10-fold，一共比对到4983203 个 SNP 和 1232964 个 InDel 位点。过滤偏分离及覆盖度低于75%的标记，一共得到了3203 个有效Bin 标记，包含 902969 个SNP 标记。最终得到遗传图谱的总图距为1951.13 cM ，相邻Bin 标记间的平均遗传距离为0.61 cM 。遗传距离和物理距离的比值从2.8 到6.1 cM/Mb，平均值是5.0 cM/Mb。聚类分析发现所有 386 个家系都能成功聚类，说明姊妹系构建成功。 2 、在富阳和陵水两年两点四个环境下，一共检测到43 个和千粒重（TGW ）、每穗粒数（GNP ）、 有效穗数 （NP ）和单株产量 （GYP ）相关的QTL ，包括4 个NP ，13 个GNP，18 个TGW 和8 个GYP 相关的QTL 。有9 个QTL 在多个环境下可以检测到，分别是：qTGW-1a、qTGW-3、qGYP-6b、 qGNP-6c、qTGW- 7、qNP-7、qTGW-10b、qTGW-10c 和qTGW-12。经与前人发表结果比较发现有 4 个QTL 是新位点：qGNP-6c、qTGW- 7、qNP-7 和qTGW-12。 3、随后本研究利用成对姊妹系在2018 年夏天对6 个QTL 进行了验证。姊妹系Q277-Q278 和 Q239-Q240 在 qNP- 7 位点的亲本来源不同，不但在有效穗性状上差异达到显著水平，并且单 株产量也有显著差异。姊妹系Q124 和Q125 差异区间包含qTGW-1a，姊妹系Q378 和Q379 差异 区间包含qTGW- 7，姊妹系Q317 和Q318 基因组差异区间包含qTGW-10b 和qTGW-10c，这些姊 妹系在千粒重上有显著差异。成对姊妹系Q70-Q71、Q146-Q147 和Q380-Q381 在qTGW-12 区间 上基因型不同，这三对姊妹系在千粒重上都有显著差异。 4 、最后，本研究对控制千粒重的QTL qTGW-12 进行了进一步的遗传定位研究。768 个F10 代在 19 年海南种成家系，用连锁标记挑选剩余杂合体种植F3 群体用于定位。19FY-12 的籽粒的 长宽比性状符合预期比值。从中挑选极端表型进行集群分离分析法分析，结果显示在第 12 染色 体 16.12Mb-26.47Mb 的区段与籽粒长宽比相关，一共获得17 个候选基因，其中出现蛋白质序列 改变的基因是OsR498G1222170400、OsR498G1222171900 和 OsR498G1222173400，本结果进一 步验证了qTGW-12 的遗传存在，为未来的图位克隆改QTL 打下了基础。 关键词：水稻，重组自交姊妹系，遗传图谱，产量性状，数量性状基因座 I Abstract Rice is one of the most important food crops in the world, and the analysis of the yield traits of high-yield varieties has important sense to ensure food security. Rice grain yield per plant (GYP) consists of the number of