克隆文库的分析精品课件.pptVIP

嵌合子剔除 运用CHECK_CHIMERA (http://wdcm.nig.ac.jp/RDP/cgis/chimera)对测序所得的细菌16S rRNA 基因序列进行嵌合子序列的检查和剔除 BLAST序列比对 登录NCBI主页（/） 选择BLAST 然后选择 BLAST序列比对 输入序列 输入菌株编号 比对结果 比对结果处理 对比对得到的结果进行处理：建立一个word文档将相似性较高的序列复制粘贴进文档。如图 这样做的目的是能够快速，方便的对标准菌株进行选择。 标准菌株的选择 标准菌株的选择：根据自己未来所要写的文章的内容的论据来进行选择。由于克隆文库所得的序列大部分为不可培养类群，因而标准菌株的选择要选取与你环境相似，并且在分类上具有较为详细的分类的菌株。 总体标准：尽量选择具有相似性高的纯培养菌。 RDP归类 克隆文库所得序列往往是一些不可培养类群，因而很难确定其具体分类地位，因此选择使用RDP Classifer在线归类系统。 （/index.jsp） RDP归类 RDP归类 输入序列 RDP分类 ?置信度调至95% ?此处为具体分类，但需要进一步的看归类的置信度 RDP分类 带有置信度的分类 重新开始点此处 系统发育树的构建 系统发育树的构建：目的是用于对克隆序列进行进一步的精确地归类。 注意事项：1）克隆的序列不能有反向序列（主要是测序时产生的）2）标准菌株的选