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miRNA的命名规则 __________________________________________________ __________________________________________________ __________________________________________________ __________________________________________________ __________________________________________________ __________________________________________________ miRNA的命名规则 2001年，刚刚独立的Thomas Tuschl首次在果蝇中克隆到了内源siRNA。 这让人不仅 联想到了早在1993年V Ambros 在线虫中克隆到的小调控RNA lin4。 Thomas Tuschl的小RNA克隆方法虽然是很早就建立的，但是在小RNA领域的运用取得了惊人的效果。 紧随其后，Thomas Tuschl，他的博后老板David Bartel，以及理论上首次发现内源小RNA的Ambros实验室，还是在2001年，各以一篇Science paper，宣告miRNA时代的到来。 Thomas Tuschl打头的这篇paper中即阐述了miRNA命名的基本规则。 随后，miRNA大量发现，仍然是这三家，在国际RNA协会会刊RNA上，发表了一篇规范miRNA命名的paper： A? uniform?system for microRNA annotation. /pubmed最开始的miRNA信息由Sanger 研究所的一个网站收集，很多老paper还在引这个，随后miBase成立，成为目前最权威的miRNA命名 数据库。 这种科学权威出面，人为规定命名的方式为miRNA研究提供了很大方便，这一点从基因命名的历史就可以看出，随便一个什么基因，名字都有一大把，而且还经常一名多用。 最开始的规则是： 1，miRNA，除历史原因，在2001年前即以通过遗传学方式发现并命名的lin，let系统外，均以miR-开头。 2，miRNA的编号分为3级系统。 miR-罗马数字，表示含有相同seed sequence的一个miRNA family 含有相同seed sequence，但是其他序列仍有所不同的，即是一个miRNA family中的成员，用a，b，c，d? etc表示 对于mature miRNA序列相同，但是pre-miRNA不同的，即是一个miRNA的isoform，用罗马数字在最后表示，如let-7a-1，let-7a-2，let-7a-3，成熟的miRNA只有let-7a。 这个命名规则随着miRNA研究的发生也发生了一些变化。 最重要的就是二代测序的发展，对miRNA star strand，或者passage strand的理解。 一个pre-miRNA经过Dicer切割之后可以产生两条小RNA，早期的理论认为，其中 一条作为mature-miRNA进入RISC，另一条就降解了，标记为*，比如let-7a-1*，注意，let-7a-1，-2，-3都是let-7a前体，但是*序列还是不同，所以表示为let-7a-1*，let-7a-2*，let-7a-3*。 随后发现，很多miRNA曾经认为的*很稳定，也能作为mature miRNA发挥作用。 为了避免*的歧视意味 改称5p和3p 也就是pre-miRNA，靠近5‘的那个，叫5p，靠近3’的那个，叫3p 同样的，如果序列不一样，就在最后加数字， 比如，刚才说的let-7a，3个isoform，可以产生这样的mature-miRNA hsa-let-7a-5p MIMAT0000062 UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU hsa-let-7a-3p MIMAT0004481 CUAUACAAUCUACUGUCUUUC hsa-let-7a-2-3p MIMAT0010195 CUGUACAGCCUCCUAGCUUUCC 这里的3p，就是曾经的*，注意，*在5和3p是不一定的。 7a-1和7a-3产生了相同序列的3p，统称let-7a-3p 而7a-2的3p序列有所不同，单称let-7a-2-3p。