绵羊繁殖相关miRNA的鉴定和功能分析.pdfVIP

摘要 摘 要 本研究以探究绵羊卵巢卵泡期与黄体期的差异为研究设计出发点，设计了实 验组湖羊卵泡期下丘脑、垂体、卵巢和对照组湖羊黄体期下丘脑、垂体、卵巢以 及实验组湖羊下丘脑、垂体、卵巢和对照组脂尾羊下丘脑、垂体、卵巢这两组实 验。对比组合如下：1. 卵泡期湖羊下丘脑（HAF ）：黄体期湖羊下丘脑 （HAL ）；2.卵泡期湖羊垂体（PAF ）：黄体期湖羊垂体（PAL ）；3.卵泡期湖 羊卵巢（OAF ）：黄体期湖羊卵巢（OAL ）；4.卵泡期脂尾羊卵巢（OZF ）：黄 体期脂尾羊卵巢（OZL ）；5. 卵泡期湖羊卵巢（OAF ）：卵泡期脂尾羊卵巢 （OZF ）；6.黄体期湖羊卵巢（OAL ）：黄体期脂尾羊卵巢（OZL ）。结果显 示，HAF 文库获得Clean Reads 共条；HAL 文库获得Clean Reads 共 条；PAF 文库获得Clean Reads 共条；PAL 文库获得 Clean Reads 共条；OAF 文库获得Clean Reads 条；OAL 文库获 得 Clean Reads 共 条；OZF 文库获得 Clean Reads 共条； OZL 文库获得Clean Reads 条。 经差异分析，HAF ：HAL 组鉴定到 64 个差异表达 miRNA ；OAF ：OZF 组 鉴定到 14 个差异表达 miRNA ；OAF ：OAL 组鉴定到 43 个差异表达 miRNA ； OAL ：OZL 组鉴定到 40 个差异表达 miRNA ；OZF ：OZL 组鉴定到 7 个差异表 达miRNA ；PAF ：PAL 组鉴定到5 个差异表达miRNA 。 经过生物信息学分析，差异表达 miRNA 富集到 AMPK 、PI3K 、Wnt 、 Steroid hormone biosynthesis 、Salivary secretion 、PI3K-Akt 、p53 signaling 、 Notch 、Melanogenesis 、MAPK 、Hippo 、GnRH 、Cell cycle 和 cAMP 等信号通 路。此外，经过 miRNA-mRNA- 通路联合分析，鉴定 oar-miR-150、oar-miR- 21 、oar-miR-10a 、oar-miR-10b 、oar-miR-133、oar-miR-26b 、oar-miR-19b、oar- miR-218a 、oar-miR-494 等为绵羊繁殖相关候选miRNA 。 综上所述，我们通过高通量测序，成功获得了不同繁殖状态/相同状态不同 繁殖力绵羊性腺轴器官的miRNA 信息，并通过生物信息学确定一批繁殖相关的 miRNA ，为进一步开展绵羊分子育种提供参考依据。 关 键 词：湖羊、miRNA 、靶基因、生物信息学、繁殖 论文类型：基础研究 选题来源：国家现代肉羊产业技术体系专项CARS-38 I 目录 目 录 第1章 文献综述 1 1.1 绵羊品种资源概况 1 1.2 miRNA相关研究及测序技术 1 1.2.1 miRNA综述2 1.2.2 miRNA命名原则2 1.2.3 全转录组测序技术的发展2 1.2.4 绵羊繁殖相关miRNA研究进展 3 1.3 绵羊卵巢调控机制 3 1.4 表达验证技术的研究进展 4 1.4.1 荧光定量PCR技术的发展5 第2章 miRNA鉴定与差异表达分析 7 2.1 材料与方法 7 2.1.1 试验动物7 2.1.2 主要试验仪器及耗材7 2.1.3 绵羊卵巢周期鉴定7 2.1.4 样品采集7 2.1.5 RNA 的提取及质量检测8 2.1.6