甘蓝型油菜circRNA的鉴定及其对非生物胁迫响应的研究.pdf

甘蓝型油菜circRNA 的鉴定及其对非生物胁迫响应的研究 目 录 摘 要 i Abstract iii 缩略语表 v 1 前言 1 1.1 研究问题的由来 1 1.2 植物的非生物逆境胁迫 1 1.2.1 植物非生物胁迫及其响应机制 1 1.2.2 植物响应多种非生物胁迫分子机制间的联系 2 1.3 circRNA 的特征与功能 4 1.3.1 circRNA 的特征 4 1.3.2 circRNA 的分类 5 1.3.3 circRNA 的形成 6 1.3.4 circRNA 的功能 7 1.4 植物circRNA 的研究概况 9 1.4.1 circRNA 在植物中的研究进展 9 1.4.2 circRNA 在非生物胁迫中的研究进展 10 1.5 生物信息学在circRNA 研究中的应用 11 1.5.1 circRNA 的鉴定原理与鉴定软件 11 1.5.2 植物的circRNA 的数据库 14 1.6 研究的目的与意义 14 2 材料与方法 16 2.1 实验试剂 16 2.2 分析软件和工具 16 2.3 材料处理 18 2.3.1 材料培养 18 2.3.2 处理实验 18 2.4 生理指标检测 19 2.4.1 待测样品的制备 19 2.4.2 待测样本蛋白质浓度的测定 19 2.4.3 油菜叶片组织中SOD 活力的测定 20 2.4.4 油菜叶片组织中POD 活力的测定 20 2.4.5 油菜叶片组织中CAT 活力的测定 21 2.5 circRNA 的提取 21 2.5.1 总RNA 的提取（试剂盒法） 21 2.5.2 circRNA 的建库和测序 22 2.6 生物信息学分析 23 2.6.1 circRNA 的鉴定 23 2.6.2 circRNA 的特征分析 24 2.6.3 circRNA 的保守性分析 24 2.6.4 circRNA 的差异表达分析 24 I 华中农业大学2017 届硕士研究生学位（毕业）论文 2.6.5 GO 和KEGG 富集分析 24 2.6.6 “circRNA-miRNA-mRNA ”调控网络的分析 25 2.7 本研究的技术路线 25 3 试验结果 26 3.1 生理指标检测 26 3.1.1 表型考察 26 3.1.2 抗氧化酶的活性检测 27 3.2 circRNA 的鉴定 27 3.2.1 原始数据预处理与比对效率统计 27 3.2.2 甘蓝型油菜中circRNA 的鉴定 28 3.3 circRNA 的特征 30 3.3.1 来源类型统计 30 3.3.2 长度分布统计 31