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转录因子-核酸复合物稳定性的分子动力学模拟研究 目录 摘 要 i ABSTRACT ii 缩略语表 iv 第一章 绪论 1 1.1 转录调控的研究背景 1 1.2 CREB 转录因子的研究背景 2 1.2.1 CREB 转录因子的结构与功能 2 1.2.2 CREB 核酸识别特异性 5 1.2.3 镁离子对CREB/CRE 复合物的影响 7 1.3 WRKY 转录因子的研究背景 8 1.3.1 WRKY 转录因子结构与功能 8 1.3.2 基因突变的影响 10 1.4 立题意义及研究内容 12 1.4.1 立题意义 12 1.4.2 研究内容 12 第二章 分子动力学模拟和计算方法简介 14 2.1 分子动力学模拟 14 2.1.1 分子动力学模拟原理 14 2.1.2 常见的分子动力学模拟软件 16 2.1.3 分子力场 16 2.1.4 分子动力学模拟基本流程 17 2.2 蛋白-核酸相互作用的自由能计算方法 19 2.3 数据分析方法 21 第三章 镁离子对CREB-CRE 复合物的稳定性影响 23 3.1 模拟体系构建 23 3.2 结果分析 23 I 华中农业大学 2020 届硕士研究生学位（毕业）论文 3.2.1 RMSD 分析 24 3.2.2 氢键分析 25 3.2.3 DNA 构象分析 30 3.2.4 MM/PBSA 分析 34 3.3 本章小结 34 第四章 基因突变对WRKY/W-box 复合物的影响 36 4.1 模拟体系构建 36 4.2 结果分析 37 4.2.1 RMSD 和RMSF 分析 37 4.2.2 Rg 和SASA 分析 39 4.2.3 氢键分析 40 4.2.4 MM/PBSA 分析 42 4.3 本章小结 43 总结与展望 45 参考文献 47 附录 53 致谢 54 II 转录因子-核酸复合物稳定性的分子动力学模拟研究 摘 要 转录因子是一种具有序列特异性的 DNA 结合蛋白。随着蛋白质晶体解析技术 的飞速发展，已经积累了大量的转录因子核酸复合物晶体结构，但这些结构数据仍 不足以解释转录因子-核酸复合物稳定性动态变化的机制。大量实验研究表明，金属 离子和基因突变会影响转录因子和核酸结合的稳定性。因此，研究金属离子和基因 突变在转录因子蛋白-DNA 相互作用过程中的识别和调控机理具有重要意义，也使 这一领域成为表观遗传学的研究热点。 通过文献调研和晶体结构数据搜索，本研究最终选取了cAMP 响应元件结合蛋 白/ cAMP 响应元件(CREB/CRE) 复合物作为研究镁离子效应的体系，确定了 WRKY/W-box 复合物作为研究基因突变效应的体系。通过比较不同体系中镁离子的 缺失和核酸上基因突变对转录因子与核酸复合物稳定性的影响，研究转录因子和核 酸的调控机制。为此，首先对所选体系进行了长时间的分子动力学模拟，然后分别 从均方根偏差、