基于多组学数据利用机器学习预测玉米开花期基因.pdfVIP

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2021-01-11 发布于江苏
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基于多组学数据利用机器学习预测玉米开花期基因.pdf

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基于多组学数据利用机器学习预测玉米开花期基因目录摘要i Abstract iii 名词略词表（Abbreviations ）v 1 前言 1 1.1 植物开花期的研究 1 1.1.1 拟南芥开花期调控途径研究 1 1.1.2 玉米开花期基因研究3 1.2 基因定位的经典方法4 1.2.1 基于连锁作图的基因定位5 1.2.2 基于关联分析的基因定位7 1.2.3 质量性状基因和主效QTL 的定位8 1.3 机器学习概述9 1.3.1 机器学习方法概述 10 1.3.2 机器学习在生物学上的应用 12 1.4 本研究的目的与意义 12 2 材料与方法 13 2.1 材料 13 2.1.1 植物材料 13 2.1.2 数据来源 13 2.1.3 实验试剂与仪器 13 2.1.4 软件及网站 14 2.2 方法 14 2.2.1 训练数据集与测试数据集的整理 14 2.2.2 机器学习预测流程 15 2.2.3 EMS 突变体鉴定及表型观察 16 2.2.4 基因型鉴定 16 3 结果与分析 18 I 华中农业大学2020 届硕士研究生学位论文 3.1 算法模型的评估 18 3.1.1 ROC-AUC 评估算法模型与特征重要性 18 3.1.2 学习曲线评估模型的数据拟合情况20 3.1.3 特征重要性分析结果22 3.2 基因预测与突变体挑选24 3.3 EMS 突变体鉴定结果25 3.3.1 39 个EMS 突变体材料的详细信息25 3.3.2 EMS 突变体表型统计分析结果25 3.4 MADS43 基因的结果分析27 3.4.1 MADS43 的基因结构27 3.4.2 MADS43 基因突变体鉴定28 3.4.3 MADS43 基因互作网络初步分析31 4 讨论34 4.1 机器学习预测玉米开花期基因的可行性34 4.2 机器学习预测玉米开花期基因的特点35 4.3 机器学习预测玉米开花期基因的方法与经典基因克隆方法的比较36 4.4 研究工作的不足及进一步开展研究的思路和建议36 参考文献38 附录49 致谢73 II 基于多组学数据利用机器学习预测玉米开花期基因摘要开花期是植物从营养生长到生殖生长转变的关键时期，与作物产量息息相关。目前对于开花期的研究