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不同生物来源天然产物的化学信息学分析
目录
摘要 i
Abstract iii
缩略语表 v
1 前言 1
1.1 天然产物 1
1.2 天然产物数据库 2
1.3 天然产物的化学信息学研究进展 5
1.4 化学信息学 7
1.4.1 分子片段和骨架 7
1.4.2 化学空间 8
1.5 研究目的和意义 8
2 材料和方法 8
2.1 技术路线 8
2.2 天然产物结构的提取 9
2.3 天然产物的物种来源分类 10
2.4 天然产物的化合物类型分类 10
2.5 天然产物去糖基化 10
2.6 天然产物物理化学性质的计算 12
2.7 分子片段分析 12
2.8 化学空间展示 13
2.8.1 SAR Map 的生成 13
2.8.2 Tree Map 的生成 13
3 结果与分析 14
3.1 天然产物化学结构的提取与标准化 14
3.2 天然产物分类 14
3.2.1 天然产物物种分类 14
3.2.2 天然产物化合物类型分类 15
3.3 天然产物糖基化差异 17
I
华中农业大学2020 届硕士研究生学位（毕业）论文
3.3.1 含糖分子在不同物种来源天然产物中的分布 17
3.3.2 含糖分子在不同化合物类型的天然产物中的分布 19
3.3.3 天然产物糖基数量的变化 21
3.4 天然产物生物来源与结构类型的关系 22
3.5 不同生物来源天然产物物理化学性质的差异 24
3.6 不同生物来源天然产物的分子片段 26
3.6.1 环簇分析 26
3.6.2 RECAP 片段分析 28
3.6.3 Murcko 骨架分析 29
3.7 不同生物来源天然产物的化学空间 32
3.7.1 SAR Map 32
3.7.2 Tree Map 32
4 总结与展望 33
4.1 总结 33
4.2 展望 35
参考文献 36
附录 43
致谢 53
II
不同生物来源天然产物的化学信息学分析
摘要
天然产物是指天然来源(包括动物、植物和微生物等) 的次生代谢产物，具有广泛
的生物活性。由于其结构多样性和独特性，天然产物在药物研发中一直扮演着重要
的角色，有53%的化学药品属于天然产物及其衍生物。对天然产物的结构多样性、
化学空间进行分析可以加深人类对天然产物与生物进化、环境压力关系的认识，促
进基于天然产物的药物研发。为了研究不同生物来源的天然产物之间的结构、性质
差异，本论文对动物、植物和微生物来源的天然产物进行了基于化学信息学的对比
分析。
首先，我们整理了天然产物词典(Dictionary of Natural Products, DNP) 中的结构、
生物来源以及化合物类型等信息。DNP 注释了 186679 个天然产物的来源信息，其
中68.36%的天然产物来自于植物，19.39%来自于微生物，12.24%来自于动物。DN
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