如何在genbank中查找一基因的序列.pdfVIP

如何在 genbank 中查找一基因的序列 1、在 GeneBank 中查找基因序列只要输入accession 号就可以了 ，下面网址就是一个基因的全部序列信 息的例子，/Sitemap/samplerecord.html，在记录的末尾有各种记录的详细说 明，如果你没有accession 号，可以把你手头的编号用 source 等信息源转换成 accession 号，中文教程太 古老了，如果你是初学者一定要养成看英文文献的习惯，要是特别想看中文翻译的话，书店里随便一本生 物信息学书里都会介绍数据库的，不过有些翻译过来的东西真的很别扭，希望对你有帮助。 2、关于在 GeneBank 中查找序列我有几点体会： 最直接、最简单的方法是手头有基因的 accession 号； 如果没有就需要明确两个重要的内容，即基因名称及物种信息（如果有最好是拉丁全名），基因名称尽可能 详细，避免搜出一些不相关的信息； 搜索的时候建议先用 NCBI 的 Gene 数据库搜索，这样得到的 accession 号是属于 NCBI 工作人员重新整理 过的 Refseq 的序列，这样会比较可靠；当然这个要看你的分析目的，如果你是要对该序列进行下游的分子 生物学操作 or 分析，选这种序列我觉得会比较好，如果是要进行多序列的分析 or 其他目的需要全面分析 该序列的，可能需要其他序列做补充，但是我觉得序列越多问题越说不清楚，因为毕竟不是自己的序列， 如果 Gene 数据库里没有收录，那就只有在 Nucleotide 数据库里找了，但是还是建议采用 Refseq 的序列， Refseq 序列特征如下： Accession prefix Molecule type Comment AC_ Genomic Complete genomic molecule, alternate assembly NC_ Genomic Complete genomic molecule, reference assembly NG_ Genomic Incomplete genomic region NT_ Genomic Contig or scaffold, clone-based or WGSa NW_ Genomic Contig or scaffold, primarily WGSa NS_ Genomic Environmental sequence NZ_b Genomic Unfinished WGS NM_ mRNA 　 NR_ RNA 　 XM_c mRNA Predicted model XR_c RNA Predicted model AP_ Protein Annotated on AC_ alternate assembly NP_ Protein 　 YP_c Protein 　 XP_c Protein Predicted model ZP_c Protein Predicted model, annotated on NZ_ genomic records a Whole Genome Shotgun sequence data. b An ordered collection of WGS for a genome. c Computed. 其他值得考虑的是，对于真核生物最好找注释为全长的 mRNA 序列，原核生物最好有起始密码子和终止密 码子； 其他未尽事宜大家补充！ 3、如何在 genbank 查找某个细菌的基因序列？ 你输入这个细菌的名字直接查，一般会有的~~~~~而且一般第一个会是全基因组 序列~~~进入 ncbi 的首页，database 选 nucleotide，输入你的关键词,如果库 里收录里就会有的 4、如何查找基因序列？——在 Genbank 中寻找目的基因的实例 （1） 根据文献 搞 reasearch 肯定要读文献的，如果你曾经在文献中看到过你感兴趣的基因，而且文中还提到了该基因在 Genbank 中的ID 号，那就好办了，直接打开 ，在 Search 后的下拉框中选择 Nucleotide，把Genbank ID 号输入 GO 前面的文本框中，点“GO” ，就可以找到他了。 举例说明，例如：在 2003 年 JBC 的文章（Conditional Knock-out of Integrin-linked Kinase Demonstrates an Essential Role in Protein Ki