小麦籽粒蛋白质含量主效QTL-QGpc.hwwgr-4BS的精细定位及分子标记开发.pdfVIP

摘 要 摘 要 小麦（Triticum aestivum L. ）籽粒蛋白质含量（Grain protein concent，GPC ）关系 到小麦面粉营养价值和加工品质，是小麦品质育种的一项重要指标。前期研究中利用 “宁7840 ×Clark ”重组自交系（RIL ）群体在小麦4BS 染色体上检测到一个控制GPC 稳定表达的主效QTL—QGpc.hwwgr-4BS 。本研究利用660K SNP 芯片技术与RNA 混 池转录组测序（BSR-seq ）技术对QGpc.hwwgr-4BS 进行精细定位，并筛选与其紧密连 锁的分子标记，研究结果为小麦GPC 基因克隆及小麦品质性状标记辅助选择和分子聚 合育种奠定理论基础。本研究取得以下主要结果： 1. 小麦GPC 与粒长、籽粒面积呈显著正相关。QGpc.hwwgr-4BS 位于4BS 染色体 的Xgwm368 -IWA4662 标记区间，区间长度为17.5cM，LOD 峰值接近IWA6850 ，解释 的表型变异为22.0% ，加性效应值为6.14g·kg- 1 。 2. 利用660K SNP 芯片技术共挖掘了1287 个高质量差异SNPs，其中4B 染色体上 共含有933 个SNPs，占比达72.5% 。经SNP 标记侧翼序列比对到中国春小麦参考基因 组，获得 3 个与小麦 GPC 相关的差异 SNP 富集区，分别位于 13.39Mb-52.57Mb、 75.95Mb-143.60Mb 及383.66Mb-465.59Mb 区间。 3. 采取RNA-seq 共筛选出 57445 个可信 SNPs，小麦A 、B 、D 基因组分别含有 21165 、23988 和11536 个SNPs。关联分析表明仅在4B 染色体上有两个与目标性状显 著关联的区域，分别位于82.66Mb-110.70Mb 区间及396.69Mb-425.08Mb 区间。 4. 在目标区间开发了 12 个 KASP 标记，最终将 QGpc.hwwgr-4BS 定位在两标记 KP1241 和 KP0001 之间，标记间的遗传距离为 2.6cM ，对应的物理区间为 36.46Mb-46.92Mb ，物理距离为10.46Mb，区间内共包含86 个基因。 关键词：小麦；GPC；精细定位；分子标记 I 目 录 目 录 摘要I ABSTRACT III 第一章 文献综述 1 1.1 小麦籽粒蛋白质含量的相关研究进展 1 1.1.1 小麦籽粒蛋白质含量的QTL 定位 1 1.1.2 小麦NAM-B1 基因的研究进展 2 1.2 QTL 定位的原理和方法 2 1.2.1 QTL 定位的原理 2 1.2.2 QTL 定位的方法 3 1.2.3 QTL 的精细定位 5 1.3 分子标记的研究进展 6 1.3.1 以分子杂交为基础的分子标记 6 1.3.2 以聚合酶链式反应（PCR ）为基础的分子标记 7 1.3.3 新型的分子标记 9 1.4 660K SNP 芯片的研究进展 10 1.4.1 BSA 的技术概况 10 1.4.2 BSA 与芯片技术相结合的定位策略 10 1.4.3 660K SNP 芯片在基因定位中的应用 10 1.5 BSR-seq 技术的研究进展 11 1.5.1 BSA 与RNA-seq 技术相结合的定位策略 11 1.5.2 BSR-seq 在基因定位中的应用 11 1.6 本研究的目的和意义 12 1.7