(完整版)三种常用分子模拟软件介绍.pdfVIP

三种常用分子模拟软件介绍 一、NAMD NAMD （NAnoscale Molecular Dynamics ）是用于在大规模并行计 算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学代码。 NAMD 用经验力 场，如 Amber ，CHARMM 和 Dreiding ，通过数值求解运动方程计算原 子轨迹。 1. 软件所能模拟的体系的尺度，如微观，介观或跨尺度等 微观。 是众多 md 软件中并行处理最好的，可以支持几千个 cpu 运算。 在单机上速度也很快。 模拟体系常为为 10,000-1,000,000 个原子。 2. 软件所属的类型，如 MD ，DPD ，DFT ，MC ，量化，或交叉等 全原子 md ，有文献上也用它做过 cgmd 。 3. 软件能研究的相关领域，使用者的背景最好是？ 使用的力场有 charmm,x-plor,amber 等，适合模拟蛋白质，核酸， 细胞膜等体系。 也可进行团簇和 CNT 系统的模拟 软件原理经典，操作简单。但需要对体系的性质足够了解。 4. 软件中主要涉及的理论方法范畴 经典的 md ，以及用多种方法计算自由能和 SMD 模拟。 数据分析时候一般很少涉及复杂的热力学和统计热力学的原理， 但 知道一些最好。 5.软件主要包含的处理工具 namd 是计算部分，本身不能建模和数据分析 （unix 的哲学 kiss ）。 但 vmd 同 namd 系出同门，已同 namd 实现无逢链接。 vmd 的 tcl 脚本一定要搞懂，别的就不多介绍了。 [2] 6.与此软件密切相关的软件 vmd ，及其他数据统计分析软件（ excel ，OOo-calc 等足够了） NAMD 在 window 环境下的编译安装 1.下载 NAMD_2.7b2_Win32 2.解压到任意目录下（建议最好直接是 C ：或 D ：下） 3.添加 windows 的环境变量：右键单击我的电脑 属性 高级 环境变量 (在右下角 ) 在系统的 Path 变量里添加你 NAMD 所在文 件夹，比如我 的%SystemRoot%\system32;%SystemRoot%;%SystemRoot%\Syste m32\Wbem;C:\ProgramFiles\CommonFiles\ThunderNetwork\KanKan \Codecs; C:\NAMD_2.7b2_Win32 注意：添加的变量名称要和文件夹得名称一致 （如果文件夹得名称 你改为 namd ，那么变量名称为 C ：NAMD ） 4.namd2.7 需要后面跟 conf 文件才可以正确运行，并且要在 conf 文件所在目录执行命令。如：我的命令窗口显示 C:\Documents and Settings\HP 因此我的 conf 文件要放在 C:\Documents and Settings\HP 这个文件夹下，然后执行命令 C:\Documents and Settings\HP C:\NAMD_2.7b2_Win32\na