5.5计算方法预测三级结构-06-模型质量评估.pdf

《生物信息学》第五章：蛋白质结构预测与分析（第二部分） 计算方法预测三级结构：模型质量评估 软件预测出结构模型后还需要对模型进行质量评估，以确定模型是否可靠。可靠的模型 才能发表或进行下一步研究，不可靠的模型一点用处都没有。模型质量评估软件并不比较预 测模型跟真实结构之间的差别大小，而是从空间几何学、立体化学和能量分布三方面评估一 个模型的自身合理性。 大多数预测软件都自带模型质量评估系数，比如 I-TASSER 有 C-score，Swiss-Model 有 QMEAN score，QUARK 有 TM-score 等（图 1）。这些系数可以一定程度上反应模型的质量， 但不能完全反应。至少要有三个评估体系都认为模型可靠，模型才真的可靠。这就需要借助 第三方的评估软件。 1. 三 图 2. SAVES 模型质量评估平台 Verify3D 会根据模型质量，返回一个 3D-1Dscore（图 3）。只有超过 80%的残基拥有大 于 0.2 的 3D/1D score，才能被认为是质量合格的模型。从 3D-1Dscore 分布图上可以查看， 模型中哪些位置分值比较低，然后针对这些低质量区域进一步修正。 图 3. Verify3D 评估结果 PROCHECK 可以做出模型结构的拉氏图（图 4）。拉氏图检查 Cα的两面角是否合理。 合格的模型超过 90%的残基都应该位于红色的允许区域和正黄色的额外允许区域内。落到其 他区域的残基应当被查看并修正。 图 4. PROCHECK 评估结果 图 5. ProQ 评估结果 图 6. ModFOLD 评估结果 无论你用那种评估软件，最后有三个都认为你的模型质量合格，安全可靠。你就可以放 心大胆的使用它了。