生物信息学NCBI的使用定稿.ppt

NCBI-BLAST的介绍 .精品课件. * .精品课件. * 核苷酸-核苷酸序列比对 蛋白质-蛋白质序列比对 核酸序列翻译成蛋白质序列-蛋白质数据库中的序列比对 蛋白质序列-核酸数据库翻译后的蛋白质序列比对 核酸翻译成蛋白质序列-核酸数据库中的核酸译成的蛋白质序列比对 常用的Blast工具 在此进入蛋白质数据 库搜索P03958序列 .精品课件. * 开始 .精品课件. * 蛋白质-蛋白质序列比对 也可以选择tblastn 按照工作要求,直接选择 Blast方法 .精品课件. * 序列输入方式 第1个是””不能忘记！ 序列信息描述 序列主体 选择搜索区域，这里我们要搜索整个序列，不填 填入序列（copy＋paste）Fasta格式，或者纯序列 .精品课件. * 选择搜索数据库，这里我们选nr(非冗余的蛋白序列库)。 选择BLAST程序 如果接受其他参数默认设置，点击开始搜索 设置搜索的范围，选择特定物种，或者Entrez关键词 .精品课件. * 与核酸相关的数据库 与蛋白质相关的数据库 .精品课件. * 最多显示100条序列 E值上限10如果联配的统计显著性值(E 值)小于该值(10)，则该联配将被检出，换句话说，比较低的阀值将使搜索的匹配要求更严格，结果报告中随机产生的匹配序列减少。 Word长度 打分矩阵，取默认 对打分矩阵的调整 详细参数设置 空位罚分 过滤简单重复序列 .精品课件. * .精品课件. * 图形示意结果 检索结果 .精品课件. * 检索结果-匹配序列列表 目标序列描述部分 带有genbank的链接，点击可以进入相应的genbank序列 .精品课件. * 生物信息学 -NCBI的使用 .......................... .精品课件. * Blast 是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序。 Blast是“局部相似性基本查询工具”(Basic Local Alignment Search Tool)的缩写。 Blast简介 .精品课件. * Blast 是一个序列相似性搜索的程序包，其中包含了很多个独立的程序，这些程序是根据查询的对象和数据库的不同来定义的。 比如说查询的序列为核酸，查询数据库亦为核酸序列数据库，那么就应该选择blastn程序。 下表列出了主要的blast程序。 BLAST简介 .精品课件. * BLAST的用途 对于全新序列或已知序列: 寻找相似或同源序列，推测其结构特征（外显子、内含子、保守序列、非保守序列、所处的家族等）及潜在的功能关系。 .精品课件. * 程序名 查询序列 数据库 搜索方法 Blastn 核酸 核酸 核酸序列搜索逐一核酸数据库中的序列 Blastp 蛋白质 蛋白质 蛋白质序列搜索逐一蛋白质数据库中的序列 Blastx 核酸 蛋白质 核酸序列6框翻译成蛋白质序列后和蛋白质数据库中的序列逐一搜索。 Tblastn 蛋白质 核酸 蛋白质序列和核酸数据库中的核酸序列6框翻译后的蛋白质序列逐一比对。 TBlastx 核酸 核酸 核酸序列6框翻译成蛋白质序列，再和核酸数据库中的核酸序列6框翻译成的蛋白质序列逐一进行比对。 BLAST程序 .精品课件. *