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- 2021-03-11 发布于江西
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病毒与宏病毒全面解读
美格基因 姜敬哲
病毒知多少?
提起病毒,人们想到的通常是SARS、埃博拉、艾滋、流感等这些令人不愉快的词汇。事实上,病毒不仅仅影响人的健康,它们还有更重要的使命:推动自然物种的更替与演化,驱动生物地球化学的循环(Suttle等,2005)。
世上丰度最高的类群
病毒是我们这个星球上丰度最高的生命体。它们存在于世界的任意角落:从体型硕大的蓝鲸、非洲象,到肉眼无法分辨的寄生虫、细菌、衣原体等,但凡是“活”的东西,都有专门负责“办”它的病毒。
图1 常见感染人体的病毒形状和大小
科学研究中的暗物质
据推测,地球上的病毒种类多达8700万种,其中可能感染人类的病毒就有73万种,但目前比较确认的已知病毒却只有约5000种,已知的人类病毒仅有263种(Geoghegan 等,2017;Carroll 等,2018)。由此可见,病毒是生命科学研究中实打实的“暗物质”。
图2 目前地球上已知和未知的病毒物种数量
宏病毒组
病毒和细菌不同,不同病毒基因组的差异非常大,根本没有16S rDNA这种进化保守的基因,所以无法做扩增子(Amplicon)。
2002 年,Forest Rowher课题组基于宏基因组(Metagenome)研究思路,对海水中的病毒进行了富集,高通量测序后发现大量的未知病毒(Breitbart等,2002)。自此,宏病毒组(Virome)概念应运而生(即
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