第三章2D构型图ISIS使用.ppt

第三章、计算机图形化技术在 化学中的应用;一、化学结构的图形化;W3O7团簇的三种异构体:; 化合物构型图形化软件的要求如下： 能够通过常规输入工具，如鼠标和键盘，在计算机屏幕上简单、快速地建立复杂的分子结构图； 建立的结构图应符合化学规则和人们使用习惯； 建立的分子结构图应该丰富全面； 建立的分子结构图应该能够通过比较方便的方式转入或插入其它种类的应用软件； ; 化合物结构图形化软件分类： 用于结构示意图绘制(一般用于二维构型图) 例如ChemWin、ChemSketch、ISIS/Draw、 ChemDraw 等 用于构型的精确图形化(3D) 例如Chem3D、WebLab Viewer、Jmol等 ;多数情况下是数个作图软件一起使用;Origin+ISIS/Draw + WebLab Viewer;Origin+ISIS/Draw+ WebLab Viewer;二、ISIS/Draw化学作图软件;2. 软件主要特点;模板内容丰富 提供有23 张模板页，270 种模板结构，包含内容小至各种官能团、分子组件、电荷符号,大至复杂的杂环、糖类、冠醚、轨道图形,以及各种绘制化学反应式所需的箭头及反应条件标注等。;图形编辑功能强 可对分子结构图形进行组合或分块处理，支持图文混排。可对分子整体或局部进行放大、缩小、旋转等操作 ;具有一定的计算和检测功能 对于复杂的有机化合物，可以快捷地计算其摩尔质量。对于给定的化学反应, 还可以给出该反应的原料及产物的理论摩尔比，并具有构型检测功能 ;;可将二维图转化为三维图 利用所附带的RasMol程序,可将平面结构式图形转换为三维立体图形，但功能较弱;支持多窗口工作 支持多窗口操作,可同时运行多个文档,并可在各个窗口间切换，这一功能与Windows 本身具有剪切、复制功能相结合可给作图带来极大的方便 ;兼容性好 与多数Windows应用软件具有良好的兼容性，所绘制图形和反应式可通过剪贴板或以图形的形式插入到Word、WPS文档中，便于化学论文的书写 ;3. 软件主要使用方法 (1) 操作界面;菜单条说明;编辑菜单：构型选择、复制和粘贴操作(提供与其他程序接口);选项菜单：设置操作环境;可分别对字体、化学键、结构式、线条、箭头、标尺等进行设置;;文本菜单：设置字体尺寸、上下标等;模板菜单：??择分子构型、箭头或轨道图像等模板;化学菜单：求分子量、显示3D构型以及检测构型等;窗口菜单：多窗口方式时安排窗口排列方式;水平工具条说明;垂直工具条说明;旋转;(2) 基本操作方法;选择整个分子;放大、缩小操作;旋转操作;目标属性编辑操作 选择目标后，点击鼠标右键来修改目标属性;原子属性控制;化学键属性控制;线条属性控制;多边形(圆形)属性控制;(3) 简单分子结构的绘制;绘制过程：;利用化学键选择按钮增加侧链取代基;选择化学键，修改键的类型;选择原子，修改原子类型;运行Chem Inspector检查分子结构式的正确性(可选);调整键长和键角，Object菜单下的Clean molecule选项(可选);旋转分子，使之处于合适角度;(4) 分子立体结构的绘制;二是以实际观察角度来构建的直观立体结构 (利用3D旋转来实现);课堂习题：;(5) 电子转移方向的绘制;选择箭头后点击鼠标右键，可修改箭头的属性，包括粗细、颜色、箭头形状、线型等;(6) 化学反应式的建立;说明：;(7) 化学反应机理示意图的绘制;苯亲电反应机理;Object -smooth;说明：;(8) 三维结构模型的绘制;Stick模式;可保存为BMP、GIF、WMF等格式;(9) 图形的输出;利用Windows剪贴板，通过复制、粘贴操作把图形输出到Word等文档中(双击可编辑);上机习题：