第六章生物信息本地软件.ppt

第六章 生物信息本地软件;1.DNAMAN;2. BioEdit;BioEdit是一个序列编辑器与分析工具软件，功能非常强大，使用十分容易。功能包括：序列编辑、外挂分析程序、RNA分析、寻找特征序列、支持超过20000个序列的多序列文件、基本序列处理功能、质粒图绘制、等 .;3.Primer Premier 5.0;Primer Premier是大名鼎鼎的引物设计软件，用来帮助研究人员设计最适合引物的应用软件利用它的高级引物搜索引物数据库巢式引物设计引物编辑和分析等功能可 以设计出有高效扩增能力的理想引物也可以设计出用于扩增长达50kb以上的PCR产物的引物序列，由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测 序引物以及杂交探针的设计，评估的软件，和Plasmid Premier2.02一起是该公司推出的最新的软件产品。其主要界面同样也是分为序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和纹基分析窗口（Motif）。 ;“Premier”软件启动界面如下： ;4.Oligo;引物分析著名软件，主要应用于核酸序列引物分析设计软件，同时计算核酸序列的杂交温度（Tm）和理论预测序列二级结构。Oligo使用方法介绍 作为目前最好、最专业的引物设计软件，Oligo的功能很强，在这里我们介绍它的一些主要功能：如：普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以 及评估引物对质量等等。 在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是向Oligo程序导入模板序列，根据不同的实验情况 ;oligo应用简介 ;5.DNAssist;10.7M。非常好用而且有名的DNA分析共享软件，含有部分蛋白序列分析功能。可以全功能使用90天。90天后仍然能够全功能使用，只是启动延时。注册费200美元。 ;6.RNAstructure, Version 4.4;输入或载入RNA的一级序列,根据最小自由能原理,依据一定算法,预测出其二级结构图，并将图形输出到窗口，得到漂亮的二级结构图形。是非常出色的一个程序。 ;7.DNASIS;;8.ANTHEPROT;;9.Vector NTI Advance;;10.Discovery Studio gene 1.5下载地址;;第六章生物信息本地软件;除了独自完成一定的功能外，DS Gene可以同时作为一个客户端界面，成为Accelrys生物信息学完整解决方案的一个组成部分。通过这个界面，研究人员可以储存以及检索DS SeqStore关系数据库里面的数据，运行GCG Wisconsion Package的程序进行数据库搜索和序列分析，以及通过Discovery Studio ProjectKM在整个企业范围内共享数据。 ;基本功能;酶解图谱分析：可以执行限制性内切酶酶解和蛋白酶解分析。在分析时，用户也可以添加自己的限制性内切酶以及蛋白酶试剂。引物分析：可以设计PCR、序列测定的引物和杂交探针。同时帮助用户检验自己的引物与DS Gene中模板的匹配程度，从而减少试验错误，节约试验时间。motif搜索：寻找核酸和多肽序列中存在的序列motif。用户也可以把自己发现序列motif的数据加入到motif数据库中。;核酸性质分析：以交互的形式建立和察看基于序列的碱基组成、密码子偏向、结构属性和其他分析特性的图表，从而有助于用户发现开放阅读框、启动子和鉴定基因功能。蛋白质序列分析：通过蛋白质分析工具箱对蛋白质性质进行分析，这些性质包括二级结构、疏水性、抗原性和分子柔性。;11.GCG软件包; GCG 软件包支持 5 种数据库，其中包括两种核酸数据库和 3 种蛋白质数据库。 GCG 支持的两种核酸数据库是 GenBank 数据库以及仅由 GenBank 中未收载的序列组成的简化版 EMBL 核酸序列数据库。为了方便进行搜索，这两个数据库被组合成一个复合的核酸数据库，称为 GenEMBLPlus 。这个复合数据库包括 GenBank 和 EMBL 核酸序列数据库的表达序列标记（ EST ) ，序列标记位点（ STS ）以及基因组序列纵览（ GSS ) 条目部分。 GCG 支持的 3 种蛋白质数据库是 PIR 数据库、 SWISS-PROT 数据库和 SP-TrEMBL 数据库。为了方便进行搜索， SWISS-PROT和 SP-TrEMBL ，这两个数据库被结合在一起组成一个复合的蛋白质数据库 SWISS-PROTPlus 。;二、GCG软件包的功能简介;( 4 ) Compare / DotPlot 对两条相比对的核酸或蛋白质序列构建点阵图。 ( 5 ) Pro / Pro 创建一个称为序列