基因组序列诠释.pptVIP

2021/3/14 * 蛋白质组分析是一个远比与基因组测序和转录物组研究困难得多的任务,其复杂性表现在: ① 蛋白质有许多加工方式,如磷酸化、糖基化、乙酰基化、泛素化、法尼基化(farnesylated)和二硫键等,不仅形式多样,而且种类繁多,它们均与蛋白质的功能密切相关; ② 由于mRNA的可变剪接、程序性移码和可控突变,一个基因可编码许多不同的蛋白质,常常表现为组织特异性; ③ 蛋白质之间存在大量的相互作用,如形成同源或异源二聚体、三聚体或多聚体,不同的结合状态有不同的活性; ④ 一种蛋白质可参与多种反应,或多种蛋白质参与一种反应。蛋白质组学专家认为,由于转录、转译调控和转译后加工,蛋白质组的复杂性比基因组要扩大一个数量级。在大多数情况下,我们对上述这些过程的机理所知甚少。 2021/3/14 * 尽管蛋白质组的研究有许多困难,但近年来这一领域仍然取得了很大进展。最初人们只能分析少数蛋白质之间的相互作用,例如采用酵母双杂交分离单个伙伴蛋白质,现在己将范围扩大到数百甚至上千个成员,在线虫中鉴定了29个与发育有关的蛋白质。 另一项进展是借助已有的基因组顺序扩大蛋白质功能的搜寻范围,它们包括: ① 寻找所有不同基因组中同时出现或同时丢失的蛋白质成员,这些蛋白质表现出协同进化(co-evolved)的趋势,在不同物种中可能涉及相同的生物学功能; ② 蛋白质常常由一个以上的多肽功能域组成,它们的组合不是随机的,彼此间存在相互作用。某些物种中这些功能域集合在同一个蛋白质,在其他生物中它们位于2个或多个独立的蛋白质,其间必定有互作关系(图5.8); ③ 许多基因组在物理图上都有或多或少的同线性区段,其中不少基因始终紧密连锁,组成独立的进化单位。这些位置相邻的基因尤如原核生物中的操纵子,尽管它们的表达调控相互独立,但在功能上彼此相关。 2021/3/14 * 2021/3/14 * 2021/3/14 * 基因失活的表型效应有时不易分辨 得到携带失活基因的品系与个体后,就该检测突变体表型,以便指认未知基因的具体功能。生物表型范畴很广,即使单细胞酵母,要确定一个未知基因对表型的贡献,也可列出很长的一串名单(表5.1)。至于高等生物,因其某些表型(如行为)具有难以捉摸的综合性,区分其准确的功能更加棘手。如酵母3号染色体上有一个最长的基因(2 167个密码子),具有典型的酵母偏爱密码子特征,是一个标准的编码基因而非含混的ORF,但该基因的失活对表型无任何影响。当时推测这类基因可能是冗余基因,或者说其蛋白质产物涉及非必需的功能。最后证实,该基因的突变体生长在低pH值并含葡萄糖和乙酸的条件下是致死的,而正常基因可耐受这一环境。由此得知,这一基因编码一个将乙酸盐泵出细胞的蛋白质。确切地说这是一个酵母细胞必需的功能基因,它在细胞受到乙酸危害时可诱导表达,但这种必需的功能从一般的表型检测很难追踪与判断。 2021/3/14 * 2021/3/14 * 酵母中有85%的基因突变不产生致死效应,这些基因大多与新陈代谢有关。有时不同的突变会影响同一条代谢路线,但对表型影响程度很有限。Ramsdonk等(2001)设计了一种称为酵母协同反应功能分析(functional analysis by coresponses in yeast,FANCY)的方法,通过同时检测几种代谢中间产物浓度的改变来判断单个基因对代谢路线的影响。有些突变可同时影响一种或几种中间产物的浓度,但对其他中间产物浓度的影响不同,因而可对突变进行代谢效应分类。 2021/3/14 * 转座子突变库构建 根据顺序同源性寻找基因组中的编码基因尽管可以获得一些重要信息,但是仍不能确切地知道基因的具体功能。特别是一些在数据库中无法查找到匹配顺序的ORF,必需采取复杂的方法才能鉴定它们的功能。此外,在基因的表达调控中起重要作用的非编码序列目前还未发现普遍适用的组成规律,这是基因组顺序解读这面临的更大难题。现在人们已尝试在植物中利用转座子标签法,通过构建插入突变库系统地分离与克隆功能基因和调控顺序(图5.4)。 2021/3/14 * 2021/3/14 * 这一策略主要依据以下技术: 1. 植物细胞具有全能性,可以从体细胞再生完整植株; 2. 已经建立了一套成熟的转基因系统,使外源基因在转基因植株中成功表达; 3. 植物中有许多转座子系统,它们的转座机制已经清楚,通过转座子的随机插入可获得大量的突变型。根据插入的转座子顺序合成探针,可分离被破坏的位点,并分析它们的组成; 4. 转座子可以发生回复突变,从插入的座位切离,使突变系重现野生型表型。 这一策略有时又称为基因标签(gene tagging),目前应用最为成功的为玉米Ac-Ds转座因子系统。基因标签突变库的工作原理如下: