生物信息学第二版基因表达数据分析.pptxVIP

生物信息学第五章 基因表达数据分析第一节 引言 Introduction基因表达组学与基因组学相比较表达组信息是动态的；表达组学的数据，更多的是数值分析；转录组学中除了模式识别外，系统建模也十分重要。真核生物基因表达的基本方式基因表达调控示意图基因表达的时空性基因表达测定方法RT-qPCR近20年来三种不同高通量基因表达测定技术的应用趋势 高通量基因表达测定的应用实例 1.测定组织特异性基因表达2.基因功能分类3.癌症的分类和预测4.临床治疗效果预测5.基因与小分子药物、疾病之间的关联6.干细胞的全能型、自我更新和细胞命运决定研究7.动植物的发育研究8.环境对细胞基因表达的作用9.环境监测10.物种的繁育第二节基因表达测定平台与数据库Microarray Platform and Databases一、基因表达测定平台介绍 1.cDNA 芯片 2.Affymetrix芯片 3.下一代测序技术技术如：Roche-454,Illumina MiSeq，Ion Torrent PGM 二、Microarray技术与RNA-Seq技术的比较1.RNA-Seq技术对没有已知参考基因组信息的非模式生物，也可测定转录信息；2.RNA-Seq技术可以测定转录边界的精度达到一个碱基，RNA-Seq可以用来研究复杂的转录关系；3.RNA-Seq可以同时测定序列的变异；4.RNA-Seq背景信号很小，