生物信息学软件及程序在序列搜索、发生树构建及引物设计中的应用.ppt

生物信息学软件及程序在序列搜索、发生树构建及引物设计中的应用;生物序列的相似性搜索 －blast简介及其应用;精品资料; 你怎么称呼老师？ 如果老师最后没有总结一节课的重点的难点，你是否会认为老师的教学方法需要改进？ 你所经历的课堂，是讲座式还是讨论式？ 教师的教鞭 “不怕太阳晒，也不怕那风雨狂，只怕先生骂我笨，没有学问无颜见爹娘 ……” “太阳当空照，花儿对我笑，小鸟说早早早……”;内容提要;生物序列的相似性;同源性： 指从一些数据中推断出的两个基因或蛋白质序列具而共同祖先的结论，属于质的判断。就是说A和B的关系上，只有是同源序列，或者非同源序列两种关系。而说A和B的同源性为80％都是不科学的。;相似性和同源性关系;Blast简介（一）; Blast 是一个序列相似性搜索的程序包，其中包含了很多个独立的程序，这些程序是根据查询的对象和数据库的不同来定义的。比如说查询的序列为核酸，查询数据库亦为核酸序列数据库，那么就应该选择blastn程序。 下表列出了主要的blast程序。;主要的blast程序;Blast结果给出的信息;NCBI提供的Blast服务;Blast任务提交表单（一）;Blast任务提交表单（二）;Blast任务提交表单（三）;提交任务;结果页面（一）;结果页面（二）;结果页面（三）;一个具体的例子（blastp）;具体步骤;分析过程（一）;分析过程（二）;分析过程（三）;分析过程（四）;分析过程（五）;分析过程（六）;分析过程（七）;分析过程（八）;序列比对与系统发生树构建;表1 构建分子进化树相关的软件;;多序列比对实例;第一步：输入序列文件。;第二步：设定比对的一些参数。;参数设定窗口。;第三步：开始序列比对。;*;第四步：比对完成，选择保存结果文件的格式;;;;;三、软件的选择 ;需要注意的几个问题;FASTA格式的序列;MEGA4.0构建发生树的简要步骤;;;;;;;;;;;;PCR引物设计;引物的重要性;引物设计一般原则：长度;引物设计一般原则：结构;引物设计一般原则：错配;引物设计一般原则: GC含量;引物设计软件;NCBI验证引物;*;General Parameters Expect thresshold 期望阈值须改为大于等于1000 Word size 的下拉框将数字??为7;两线段间有连线的: 检索序列与上游引物匹配（Strand=Plus/Plus）、并与下游引物互补（Strand=Plus/Minus），理论上可以扩增出基因片断。 没有连线的，表示单条引物与该基因一致;E value：代表被比对的两个序列不相关的可能性。 E值越低越有意义，也就是说序列的相似性越大 【The E value decreases exponentially as the Score (S) that is assigned to a match between two sequences increases】。 。;结果判断;谢谢！