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【转载】分子进化树构建及数据分析的简介   【转载】分子进化树构建及数据分析的简介     分子进化树构建及数据分析的简介  分子进化树构建及数据分析的简介 mediocrebeing, rodger, lylover [1], klaus, oldfish, yzwpf mediocrebeing, rodger, lylover [1], klaus, oldfish, yzwpf    [1] lylover. Email: lylover_2005@ [1] lylover. Email: lylover_2005@           一、引言  一、引言        开始动笔写这篇短文之前，我问自己，为什么要写这样的文章？写这样的文 开始动笔写这篇短文之前，我问自己，为什么要写这样的文章？写这样的文 章有实际的意义吗？我希望能够解决什么样的问题？带着这样的疑惑，我随手在 章有实际的意义吗？我希望能够解决什么样的问题？带着这样的疑惑，我随手在 DXY 289 丁香园（DXY ）上以关键字 “进化 分析 求助”进行了搜索，居然有289 篇相 丁香园（ ）上以关键字 “进化 分析 求助”进行了搜索，居然有 篇相 2006 9 12 2006 9 12 关的帖子（ 年 月 日）。而以关键字“进化 分析”和“进化”为关键 关的帖子（ 年 月 日）。而以关键字“进化 分析”和“进化”为关键 2,733 7,724 字搜索，分别找到2,733 和7,724 篇相关的帖子。考虑到有些帖子的内容与分子 字搜索，分别找到 和 篇相关的帖子。考虑到有些帖子的内容与分子 3,000~4,000 进化无关，这里我保守的估计，大约有3,000~4,000 篇帖子的内容，是关于分子 进化无关，这里我保守的估计，大约有 篇帖子的内容，是关于分子 进化的。粗略地归纳一下，我大致将提出的问题分为下述的几类：  进化的。粗略地归纳一下，我大致将提出的问题分为下述的几类：  1 1．涉及基本概念。例如，“分子进化与生物进化是不是一个概念”，“关 ．涉及基本概念。例如，“分子进化与生物进化是不是一个概念”，“关 Kruglyak 于微卫星进化模型有没有什么新的进展”以及“关于Kruglyak 的模型有没有改 于微卫星进化模型有没有什么新的进展”以及“关于 的模型有没有改 进的出现”，等等。  进的出现”，等等。  2 boostrap NJ XX 2 ．关于构建进化树的方法的选择。例如， “用boostrap NJ 得到XX 图，请 ．关于构建进化树的方法的选择。例如， “用 得到 图，请 boost