分子标记辅助选择育种.docx

分子标记辅助选择育种 传统的育种主要依赖于植株的表现型选择 (Phenotypieal selection) o环境条件、基因间互作、基因型与环境 互作等多种因素会影响表型选择效率。例如抗病性的鉴定就受发病的条 件、植株生理状况、评价标准等影响；品质、产量等数量性状的选择、 鉴定工作更困难。一个优良品种的培育往往需花费7?8年甚至十几年 时间。如何提高选择效率，是育种工作的关键。 育种家在长期的育种实践中不断探索运用遗传标记来提高育种的选 择效率与育种预见性。遗传标记包括形态学标记、细胞学标记、生化标 记与分子标记。棉花的芽黄、番茄的叶型、抗TMV的矮黄标记、水稻的 紫色叶鞘等形态性状标记，在育种工作中曾得到一定的应用。以非整倍 体、缺失、倒位、易位等染色体数目、结构变异为基础的细胞学标记, 在小麦等作物的基因定位、连锁图谱构建、染色体工程以及外缘基因鉴 定中起到重要的作用，但许多作物难以获得这类标记。生化标记主要是 利用基因的表达产物如同工酶与贮藏蛋白，在一定程度上反映基因型差 异。它们在小麦、玉米等作物遗传育种中得到应用。但是它们多态性低， 且受植株发育阶段与环境条件及温度、电泳条件等影响，难以满足遗传 育种工作需要。以DNA多态性为基础的分子标记，目前已在作物遗传图 谱构建、重要农艺性状基因的标记定位、种质资源的遺传多样性分析与 品种指纹图谱及纯度鉴定等方面得到广泛应用，尤其是分子标记辅助选 % (molecular marker-as—sisted selection, MAS)育种更受到人们 的重视。 第一节分子标记的类型和作用原理 一、分子标记的类型和特点 按技术特性，分子标记可分为三大类。第一类是以分子杂交为 基础的DNA标记技术，主要有限制性片段长度多态性标记(Restriction fragment length polymorphisms, RFLP 标记)；第二类是以聚合酶链 式反应(Polymerase chain reaction, PCR反应)为基础的各种DNA指 纹技术。PCR是Mullis等(1985)首创的在模板DNA、引物和4种脱氧核 糖核昔酸存在的条件下，依赖于DNA聚合酶的体外酶促反应，合成特异 DNA片段的一种方法。PCR技术的特异性取决于引物与模板DNA的特异 结合。PCR反应分变性(denaturation).复性(annealling),延伸 (exten—sion)三步(图17-1) o变性指的是通过加热使DNA双螺旋的氢 键断裂，双链解离形成单链DNA的过程；复性(又称退火)是指当温度降 低时，单链DNA回复形成双链的过程，由于模板分子结构较引物要复杂 得多，而且反应体系中引物DNA大大高于模板DNA,容易使引物和其互 补的模板在局部形成杂交链；延伸是指在DNA聚合酶和4种脱氧核糖核 昔三磷酸底物及Mg?,存在的条件下，在聚合酶催化下进行以引物为起始 点的5-3‘的DNA链延伸。以上三步为一个循环，每一循环的产物可以 作为下一个循环的模板，经25?30个循环后，介于两个引物之间的特 异DNA片段得到大量的复制，数量可达2X10拷贝。按照PCR所需引 物类型又可分为：①单引物PCR标记，其多态性来源于单个随机引物作 用下扩增产物长度或序列的变异，包括随机扩增多态性DNA标记(Random 别 amplification polymorphism DNA, RAPD)、简单重复序列中冋区域 标记(1 nter-simple sequence repeats polymorphisms, ISSR)等技术； ②双引物选择性扩增的PCR标记，主要通过引物3’端碱基的变化获得?多 态性,这种标记主要指扩增片段长度多态性标记(Amplified fragment lengthpolymorphisms, AFLP)；③需要通过克隆、测序来构建特殊双引 物的PCR标记如简单序列重复标记(Simple sequence repeats, SSR)、 序列特征化扩增区域(Segion,简称SCAR技术)和序标位 (Sequence一tagged sites,简称STS)等。第三类是一些新型的分子标 记，如单核昔酸多态性(Single nucleotide polymorphism, SNP),由 基因组核昔酸水平上的变异引起的DNA序列多态性，包括单碱基的转换、 颠换以及单碱基的插入/缺失等。表达序列标签(Expressed sequences tags, EST)是在cDNA文库中随机挑选克隆，并进行单边测序 (Singlepass sequence)而产生的300?500bp的核昔酸片段。 应用于分子标记辅助育种的标记主要有RFLP、RAPD. SSR、AFLP、 STS等。它们的遗传、表