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输入“ formatdb – i db –p T” - 〉回车 对 db 数据库进行格式化 越努力越幸运 输入“ dir” - 〉回车 察看 bin 文件夹下内容 格式化以后产生的文件 越努力越幸运 输入“ blastall -p blastx -i in -d db -o out -e 2e-5 - m 9” - 〉回车 运行 blastx 程序 越努力越幸运 产生的结果文件“ out” 越努力越幸运 用 ”more out” 察看结果文件 越努力越幸运 不使用 – m 参数时 比对结果显示序列两两比对 越努力越幸运 用 ”more out” 察看结果文件 越努力越幸运 多序列比对的目的 ? 从物种的一些分子特性出发，从而了解物种之 间的生物系统发生的关系。 ? 通过序列同源性的比较进而了解基因的进化以 及生物系统发生的内在规律。 越努力越幸运 多序列比对的应用： ? 系统发育分析 (phylogenetic analysis) ? 结构预测 (structure prediction) ? 序列基序鉴定 (sequence motif identification) ? 功能预测 (function prediction) ? ClustalW/ClustalX ：一种全局的多序列 比对程序，可以用来绘制亲缘树，分析进化 关系。 ? MEGA4 越努力越幸运 ClustalW/X 的运行 ? 本地运行 – 命令行操作的 Clustal W （ linux windows) – 窗口化操作的 ClustalX （ windows ） ? 欧洲生物学中心（ EBI ）还提供了 Clustal W 的网上 运行服务（ http://www.ebi.ac.uk/clustalw ) 下载页面： ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/ 越努力越幸运 · 下载 ClustalX 各种参数设定 目标序列 越努力越幸运 Jalview 结果下载 越努力越幸运 越努力越幸运 上机实习 3 ：本地运行 ClustalX 17-RNASE1.fasta ? 多序列比对 – （ Multiple Alignment ） 越努力越幸运 在 C:\zcni\shiyan1\clustalx1.83 文件夹下，找到 clustalx.exe 双击打开 越努力越幸运 Clustalx 窗口 越努力越幸运 点击 File 下拉菜单中 Load sequences 选项， 打开序列文件 17-RNASE1.fasta.txt 越努力越幸运 打开后的界面 越努力越幸运 点击进行多序列比对 越努力越幸运 可在 Alignment 下拉菜单中的 Alignment Parameters 中设定各个参数 越努力越幸运 点击 Alignment 下拉菜单中的 Do Complete Alignment 进行比对 越努力越幸运 比对结果 “* ”、“ :” 、“ .” 和空格依次代表改位点的序列一致性由高 到低 越努力越幸运 实 习 一 基因组数据注释和功能分析 越努力越幸运 课程内容 实习一 实习二 基因组数据注释和功能分析 核苷酸序列分析 基因组学 系 统 生 物 学 实习三 实习四 实习五 实习六 芯片的基本数据处理和分析 蛋白质结构与功能分析 蛋白质组学数据分析 转录物组学 蛋白质组学 系统生物学软件实习 越努力越幸运 1. 通过序列比对工具 BLAST 学习，了解 蛋白编码基因的功能注释原理 2. 介绍多序列联配工具 ClustalX 3. 分子进化分析软件 MEGA4 的基本知 识，掌握系统发生树绘制的基本方法 越努力越幸运 序列比对的进化基础 ? 什么是序列比对： – 将两个或多个序列按照最佳匹配方式排列在一起。 – 对应的相同或相似的符号排列在同一列上。 – 错配与突变相应，空位与插入或缺失对应。 ? 序列比对的目的： – 从核酸以及氨基酸的层次去分析序列的相同点和不同点，以推测他 们的结构、功能以及进化上的联系 – 通过判断两个序列之间的相似性来判定两者是否具有同源性 ? 相似性：可以被数量化，如：序列之间相似部分