生物信息学软件技巧.pptxVIP

生物信息学软件及使用技巧;内容概要;生物学软件部分常见功能使用技巧 PCR 引物设计 DNA、蛋白质序列同源分析及进化树构建 Contig Express----DNA 序列片断拼接 DNA 模拟电泳 重要生物数据库简介 生物信息学服务 ;一. 生物信息学的概念;生物信息学的概念：;二. 生物信息学软件的主要功能简介;生物信息学软件主要功能;功能1. 分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间;网上数据库的运用（成果扩大）;ENTREZ 集成检索示意图;Vector NTI Suit 同源比较—主窗口;Vector NTI Suit 同源比较—进化树;Antheprot 5.0 Dot Plot 点阵图;Peptool Lite--- Dot Plot 点阵图;DNASIS 2.5 蛋白二级结构预测;DNASIS 2.5 RNA 二级结构预测;DNASIS 2.5 tRNA 二级结构预测;RNAStructure 3.5 RNA 二结构预测;Omiga 2.0 ORF Map;DnaStar 之 Protean 对氨基酸的亲疏水性分析：helical wheel 图;功能2. 提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验;Vector NTI Suit 5.5 模拟电泳;Gene Construction Kit 2.0 模拟电泳;Winplas 2.6 质粒构建;OLIGO 5.0 PCR 引物设计;Atheprot 5.0 预测蛋白跨膜区域;Antheprot 5.0 预测信号肽断裂点;功能3. 用计算机管理实验室数据及文献资料;Reference Manager 9 界面;功能4. 用计算机预测新基因及其结构和功能;DNASIS 2.5 对蛋白编码区的预测A. (Codon Bias);DNASIS 2.5 对蛋白编码区的预测B. (Rare Codon);DNASIS 2.5 对蛋白编码区的预测C. (ORF List);DNASTAR 之 GeneQuest 预测CDS;功能5.蛋白高级结构预测;目前应用的蛋白质结构预测的算法;Cn3D 2.5 显示 1EQF A链三维结构;RasMol 2.7 显示1EQF A链三维结构;PDB与MMDB结构图比较;三. 生物学软件部分常见功能使用技巧;PCR 引物设计;引物设计的原则;围绕这几条基本原则，设计引物需要考虑诸多因素，如引物长度（primer length），产物长度（product length），序列Tm值 (melting temperature)，ΔG值(internal stability)，引物二聚体及发夹结构（duplex formation and hairpin），错误引发位点（false priming site），引物及产物GC含量（composition），有时还要对引物进行修饰，如增加限制酶切点，引进突变等。;引物设计要点;ΔG值反映了引物与模板结合的强弱程度，也是一个重要的引物评价指标，一般情况下，在Oligo 5.0软件的ΔG值窗口中，引物的ΔG值最好呈正弦曲线形状，即5’端和中间部分ΔG值较高，而3’端ΔG值相对较低，且不要超过9（ΔG值为负值，这里取绝对值），如此则有利于正确引发反应而可防止错误引发。分析其原理，引物与模板应具有较高的结合能量，这样有利于引物与模板序列的整合，因此5’端与中间段的ΔG值应较高，而3’端ΔG值影响DNA聚合酶对模板DNA的解链，过高则不利于这一步骤。 ;可能的错误引发位点决定于引物序列组成与模板序列组成的相似性，相似性高则错误引发率高，错误引发的引发率一般不要高过100，最好没有错误引发位点，如此可以保证不出非目的产物的假带。 引物二聚体及发夹结构的能量一般不要超过4.5，否则容易产生引物二聚体带而且会降低引物浓度从而导致PCR正常反应不能进行。 对引物的修饰一般是增加酶切位点，应参考载体的限制酶识别序列确定，常常对上下游引物修饰的序列选用不同限制酶的识别序列，以有利于以后的工作。 ;关于引物的自动搜索和评价分析;DNA、蛋白质序列同源分析及进化树构建;相似性与同源性;推荐软件;Contig Express----DNA 序列片断拼接;推荐软件;DNA 模拟电泳;一点体会;重要生物数据库简介;三大数据库;其他重要数据库;四. 生物信息学服务;服务内容;有关蛋白质亲疏水性，等电点，抗原性，跨膜蛋白，信号肽等分析以及Dot Plot服务 质粒载体构建及克隆策略 小型数据库建设及协助实验室进行数据管理维护 ;医学相关的图像、病例统计、分析及小型数据库建设 网上数据库应用辅助：包括序列拉长（扩大实验成果），Blastn/Blastp，NCBI