基因组学课件：第9章 蛋白质和蛋白质组学.pptVIP

安全（safety） 灵敏（sensitivity） 简单（simplicity） 特异性（specificity） 快速（speed） 稳定（stability） 兼容性（synergy） 理想显色剂的7S: 同位素标记放射自显影 灵敏度 ~20 pg 4、干胶及扫描 黄瓜：26682； 白菜：4.2万； 水稻：45022-55615 ； 人：3万 基因数 人体内蛋白质相互作用的数量大约为65万 *是果蝇的10倍（两者的基因数差不到2倍） *是单细胞酵母的20倍 “仅仅了解人类基因组肯定不足以解释人类与其它物种的差别……蛋白质相互作用应该是一把开启生物体之间差别程度原因之锁的钥匙。” 人类与简单生物（果蝇等）间巨大差别来自蛋白质相互作用的数量 Estimating the size of the human interactome. PNAS, 2008, 105: 6959-6964 拟南芥FT蛋白相互作用蛋白网络 蛋白质相互作用不仅仅是“连锁反应或级联反应”，而是一个复杂交错和精密调控的反应网络。 “植物相互作用组数据库”(plant interactome database） 蛋白质修饰 DNA合成 膜融合 细胞结构 蛋白质折叠 蛋白质移位 脂质/脂肪酸和固醇代谢 胞质分裂 细胞极化 蛋白质降解 囊泡运转 核-胞质转远 交配反应 分化 信号转导 细胞应急反应 RNA周转 RNA剪切 RNA聚合酶II转录 染色质/染色体结构 氨基酸代谢 有丝分裂 磷化合物代谢 DNA修复 RNA聚合酶III转录 RNA聚合酶I转录 减数分裂 重组 蛋白质合成 RNA加工 细胞同期调控 蛋白质相互作用网络 * * 二、蛋白质组学研究内容及方法 (一)蛋白质组学研究的主要内容: 1、基本蛋白质组学（basic proteomics）：通过大规模的鉴定生物体内的蛋白质，并提供蛋白质的各种结构信息来描述生物体的蛋白表达模式，包括蛋白质的胞内运输和亚细胞定位。 2、比较蛋白质组学（comparative proteomics）：对生物体在经过遗传变异或应答激素和环境信号后蛋白表达模式的研究。 3、功能蛋白质组学（functional proteomics）：蛋白质与蛋白质及其与其他分子的相互作用。 （二）蛋白质组学研究思路 生物学问题的提出 实验模型的设计 实验组和对照组样品的制备 蛋白样品的IEF和PAGE电泳分离 图像扫描和初步分析 感兴趣蛋白点的切取 胰酶对脱色后蛋白质的消化 质谱的多肽指纹图、微测序分析 质谱结果的生物信息学分析和比对 新蛋白质的发现 其它实验的进一步验证 蛋白信息的初步获得 蛋白质鉴定：可以利用一维电泳和二维电泳并结合生物质谱、Western印迹、蛋白质芯片等技术，对蛋白质进行全面的鉴定研究。 翻译后修饰的鉴定：如磷酸化、糖基化、酶原激活等过程。 蛋白质功能确定：包括蛋白质定位研究，蛋白质活性，蛋白质相互作用，酶活性和确定酶底物，细胞因子的生物分析，配基-受体结合分析等。 （三）蛋白质组学的主要任务 研究策略和手段 两条互补的实验流程 基于凝胶的工作流程（Gel-based workflow） 通过2-DE（双向凝胶电泳）从生物体中分离差异表达蛋白，然后通过生物质谱的方法鉴定蛋白质的表达谱以及各种蛋白质表达程度的变化。 基于液相色谱的工作流程（LC-based workflow） 通过多维色谱分离的蛋白质与生物质谱仪检核鉴定肽肽质量分析（也称鸟枪法）可实现在线监测蛋白质的分子量，分辨率高。 Classical GE LC to Protein ID Gapelo (2010) J Proteomics 蛋白质组研究的主要手段 双向电泳（two dimensional gel electrophoresis, 2D-GE） 差示电泳（differential gel electrophoresis, DIGE ） 毛细管电泳??(capillary electrophoresis, CE) 高效液相色谱?(high performance liquid chromatography,HPLC) 分子筛柱层析 反向柱层析 质谱分析 ( mass spectrometry MS) 生物信息学 蛋白质组学实验室所需的条件 蛋白质组一般技术流程 1、样品的提取分离、溶解及保存 2、双向电泳 3、固定、染色及脱色 4、凝胶的干胶及扫描 5、图像分析及差异点的寻找 6、蛋白点的挖取及酶解 7、蛋白点的质谱鉴定 1、样品的提取分离、溶解及保存 （1）理想的样品制备需满足条