基因组学课件：GWAS.pptxVIP

关联分析 （Association Mapping）;红叶石楠;甘蓝为什么会结球？;(一)关联分析基础知识 1.关联分析的概念 2.关联分析的基础——连锁不平衡 3.影响关联分析的因素 4.关联分析的优点 5.关联分析的方法 6.关联分析的两种策略和发展趋势 ;1. 关联分析的概念;2.关联分析的基础——连锁不平衡;连锁不平衡概念; 两个相邻的基因（A，B）,?他们各自的等位基因为（a，b）。?假设A，B相互独立遗传，则后代群体中观察得到的单倍体基因型?AB?中出现的P(AB)的概率为P(A)?*?P（B）。 实际观察得到群体中单倍体基因型AB?同时出现的概率为P(AB)。 计算这种不平衡的方法为： 　　　　　D?=?P（AB）－P(A)?*?P（B）。 D?是?LD（连锁不平衡）?的基本单位，度量观察到的单倍型频率与平衡状态下期望频率的偏差。 ?;ＬＤ的度量;D’的意义; r2的意义;;;;Linkage Disequilibrium (no recombination: time is important);A Disease Occurred due to a Point Mutation因点突变而引起的疾病;The Point Mutation Inherited from Generation to Generation (Pedigree谱系 1)点突变继承了一代一代;The Point Mutation Inherited from Generation to Generation (Pedigree 2);The Current Population;Phenotype and Haplotype表型和单体型;Decay of LD with Distance（LD随着距离的减弱）; 1.什么是LD的衰减？ LD 的衰减指位点间由连锁不平衡到连锁平衡的演变过程。 2.影响LD的因素 突变和重组是影响LD高低的主要因素，LD是由突变产生的多态形成的，因重组的发生而打破。 不同物种的LD衰减距离不同，同一作物的不同群体、同一群体的不同基因座的LD衰减距离也不同。 3.研究LD的衰减有什么用？ LD的衰减距离决定关联分析时所需标记密度，也在一定程度上决定关联分析的精度;3.影响关联分析的因素; (Calculate by Genetic Power CalculatorPurcell et al. (2003) Bioinformatics, 19:149-150). ;High Genotype-phenotype Covariance高基因型—表型协方差; 群体结构: the non-random distribution of genotypes among individuals within a population（种群中个体间基因型的非随机分布, 可能导致基因多态性位点与性状的相关性并非由功能性等位基因引起,从而提供假阳性结果。;MAGIC (Multi-parent advanced generation inter-cross) Population多父代杂交群体;.;4.关联分析的优点; A Fictional Depiction of a Simple Genotype-Phenotype Association Test. The functional SNP responsible for variation in berry number in grapevine is in gray and is not genotyped. The genotyped SNPs lie on either side of the functional SNP. The genotyped SNP to the right is in high LD with the functional SNP, while the genotyped SNP to the left is not in LD with the functional SNP. The results of a simple association test (Pearson correlation) are shown in the bottom box. The C allele of the high LD SNP is significantly associated with berry number (P = 0.037), while there is no significant association for the low LD SNP (P = 0.77)