分子标记课件文档.pptVIP

数据分析 多态位点比率P： 扩增的DNA片段出现频率小于0.99的位点为多态性位点 多态性位点比率P＝具有多态的位点数/检测到的位点数 （k: RAPD条带数，Pi: 第i条带在该种群出现的频率， H：为每条引物的种群RAPD多样性） Shannon信息指数： Shannon信息指数是度量物种多样性的最常用方法，其计算公式为： 用UPGMA 法构建网翅蝗科4 种蝗虫所有个体间的遗传关系 A. 贺氏竹蝗 C. hof fmanni Uvrov 　 B. 黑翅竹蝗C. fasciata fasciata C. 宽翅曲背蝗 P. microptera meridionalis 　 D. 隆额网翅蝗 A. coreana Shiraki 用NJ 法构建网翅蝗科4 种蝗虫个 体间的遗传关系 贺氏竹蝗C. hoffmanni Uvrov 　 黑翅竹蝗C. fasciata fasciata 　 C. 宽翅曲背蝗 P. microptera meridionalis 　 D. 隆额网翅蝗A. coreana Shiraki RAPD 结果的分子系统树表明: 同一种的不同个体首先聚在一起。网翅蝗科3 属4 种蝗虫分为两支, 竹蝗属的贺氏竹蝗、黑翅竹蝗亲缘关系最近, 优先聚为一支, 隆额网翅蝗和宽翅曲背蝗关系较近, 聚为另一支, 其亲缘关系与形态分类结果基本一致。 二、SSR标记（微卫星标记） 微卫星DNA (Microsatellite DNA) ，又称短串联重复( short tandem repeats , STR) 或简单重复序列( simple sequence repeat , SSR) ，是基因组中由1 - 6 个核苷酸组成的基本单位重复多次的一段DNA，广泛分布于基因组的不同位置，长度一般在200 bp以下，如(TG) n 、(AAT) n 、(GATA) n 等 。 SSR的基本重复单元是由几个核苷酸组成的，重复次数一般为10～50。 微卫星DNA 标记的基本原理 微卫星DNA 广泛存在于各种真核生物的基因组中,而且分布比较均匀 。鉴于微卫星DNA 序列具有的高度保守性和专一性,可以使其特异地定位于染色体的某一位置,然后用与两侧保守的DNA 序列互补的方式设计出特定的寡核苷酸引物对基因组DNA 进行PCR 扩增,将扩增产物在高分辨率的聚丙烯酰胺凝胶或琼脂糖凝胶上进行电泳加以分离,从而检测出了DNA 的多态性,即检测出了不同个体在每个微卫星座位上遗传结构的差别 。 SSR多态性分析示意图 A、B、C分别不同基因型 检测SSR标记的关键在于必须设计出一对特异的PCR引物，为此，必须事先了解SSR座位两侧的核苷酸序列，寻找其中的特异保守区。其过程是，首先建立DNA文库，筛选鉴定微卫星DNA克隆，然后测定这些克隆的侧翼序列。也可通过GenBank、EMBL和DDBJ等DNA序列数据库搜索SSR序列，省去构建基因文库、杂交、测序等繁琐的工作。但后者获得的SSR信息量往往不如基因组文库的多。最后，根据SSR两侧序列在同一物种内高度保守的特性设计引物。 SSR标记的多态性主要依赖于基本单元重复次数的变异，而这种变异在生物群体中是大量存在的。因此，SSR标记的最大优点是具有大量的等位差异，多态性十分丰富。 SSR座位及引物 序列开发示意图 SSR标记分析步骤 SSR 标记分析的基本原理是利用某一SSR 两翼区域特定的DNA 序列，来设计位点专一的一对引物，在PCR 仪上扩增单个SSR 位点，通过电泳，进行SSLP 分析，在此基础上进行相应的遗传分析。 1. 获得引物 ① 从数据库或有关文章中查询　从公共的DNA 序列数据库或已发表的有关文章中查找所要研究物种的SSR 两翼序列或引物，是最经济、最快捷的一种方法。 目前可查找到SSR 引物的农作物有：水稻、小麦、玉米、大豆、油菜、大麦等。各种作物已开发的引物数量不尽相同,水稻上已有500 多个SSR 引物。 ② 使用近缘种的引物　SSR 位点序列在属内种间、甚至在科内属间是保守的、相似的。引物跨越物种间的有用程度可能与物种间的亲缘关系的远近程度有关。至于某一引物能否跨物种使用还有赖于具体的试验。 ③ 构建基因组文库,筛选SSR 位点　如果前两种方法筛选不到所需要的引物,就要构建基因组文库。其基本程序包括：对基因组DNA 进行酶切,构建小片段(300～800 bp) 基因文库;用含有特定SSR 序列的探针去筛选阳性克隆；对阳性克隆进行DNA 序列测定。由于SSR 两侧的序列在同一物种间是高度保守的，因此一旦获得了合适的SSR 位点序列，