用于基因突变高深度测序的基因芯片及其制备方法和应用发明专利.pdfVIP

(19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 111118610 A (43)申请公布日 2020.05.08 (21)申请号 201811287028.2 C12Q 1/6886(2018.01) (22)申请日 2018.10.31 (71)申请人 深圳华大基因股份有限公司 地址 518083 广东省深圳市盐田区洪安三 街21号华大综合园7栋7层-14层 申请人 天津华大医学检验所有限公司　 广州华大基因医学检验所有限公司 (72)发明人 王春丽　蔡宇航　师妍　杨颖　 陈希　刘军　 (74)专利代理机构 深圳鼎合诚知识产权代理有 限公司 44281 代理人 李小焦　彭家恩 (51)Int.Cl. C40B 50/06(2006.01) C40B 40/06(2006.01) 权利要求书4页 说明书24页 (54)发明名称 用于基因突变高深度测序的基因芯片及其 制备方法和应用 (57)摘要 本申请公开了一种用于基因突变高深度测 序的基因芯片及其制备方法和应用。本申请的基 因芯片制备方法，包括根据不同的突变类型，结 合基因突变在线数据库和本地数据库，构建捕获 区间库；由捕获区间库设计基因芯片，提高捕获 质量和效率，实现高深度测序；突变类型包括单 核苷酸变异、插入缺失突变、拷贝数突变和结构 变异中的至少一种；捕获区间库包括单核苷酸变 异和插入缺失突变捕获区间库、拷贝数突变捕获 区间库、结构变异捕获区间库。本申请的基因芯 片制备方法，能够最大程度的覆盖突变人群，最 A 大程度的覆盖癌症及其相关基因，设计出更加适 0 应于中国人群的基因芯片。本申请的基因芯片测 1 6 8 序深度高，特别适用于血液中极其微量的循环 1 1 1 DNA的检测。 1 1 N C CN 111118610 A 权　利　要　求　书 1/4页 1.一种用于基因突变高深度测序的基因芯片的制备方法，其特征在于：包括根据不同 的突变类型，结合基因突变在线数据库和本地数据库的突变信息，构建捕获区间库；根据所 述捕获区间库设计基因芯片，提高基因芯片的捕获质量和效率，实现高深度测序； 所述突变类型包括单核苷酸变异、插入缺失突变、拷贝数突变和结构变异中的至少一 种； 所述捕获区间库根据不同的突变类型分为，单核苷酸变异和插入缺失突变捕获区间 库、拷贝数突变捕获区间库、结构变异捕获区间库。 2.根据专利要求1所述的制备方法，其特征在于：所述单核苷酸变异和插入缺失突变捕 获区间库采用以下方法构建， (1)统计cosmic数据库中所检测肿瘤的驱动基因的外显子区间的RI值，并将所有统计 到的与所检测肿瘤相关的驱动基因的外显子区间，按照RI值降序排列； 所述RI值等于(n×1000)÷L，其中n为cosmic数据库中所述外显子区间的患者数目，L 为外显子区间的序列长度； (2)按照RI值降序排列后，以RI值最高的外显子区间，即第一个外显子区间，作为样本 数据库，统计其它外显子区间与所述样本数据库的不同变异的个数，不同变异个数最多的 作为第二个筛选外显子区间，将第二个筛选外显子区间加入到所述样本数据库中，继续统 计其它外显子区间与加入第二个筛选外显子区间后的样本数据库的不同变异的个数，不同 变异个数最多的作为第三个筛选外显子区间，将第三个筛选外显子区间也加入到所述样本 数据库中，采用相同的方法得到第四个筛选外显