微生物研究进展chapter5分子生态学方法在环境微生物研究领域的应用.pptxVIP

第五章 分子生态学方法在环境 微生物研究领域的应用;一、微生物分子生态学的理论 二、微生物分子生态学的研究方法 三、展望;墨西哥湾“深海地平线”钻油台2010年4月20日爆炸起火沉没后不断漏油。钻油台所属的英国石油公司近日宣布又发现一处泄漏点，令漏油量多达每日5000桶，是原先估计的5倍，并正逼近美南部4个州的海岸。 ;;1、传统培养法的瓶颈;2、微生物分子生态学的产生;微生物分子生态学的产生使得微生物群落的研究由细胞水平深入到分子机制研究水平,提出了微生物分子进化和分子适应等全新概念,使微生物生态学理论更加接近自然本质。;3、微生物分子生态学的概念;墨西哥湾“深海地平线”钻油台2010年4月20日爆炸起火沉没后不断漏油。钻油台所属的英国石油公司近日宣布又发现一处泄漏点，令漏油量多达每日5000桶，是原先估计的5倍，并正逼近美南部4个州的海岸。 ;;1、研究路线;分析 方法;分析 方法;2、荧光原位杂交（ FISH ）;2、基于16S rDNA的指纹图谱法;方法：;⑴ 构建16S rDNA克隆文库;优点 得到的序列信息比较完整 片段携带的信息量大，结果可靠 适合对环境中微生物群落的整体结构进行分析 缺点 工作量大 不能对目标种群进行原位和实时监测;Vinh D. Pham等人用16S rDNA文库结合fosmid方法研究了阿拉斯加某中温油藏采出水中细菌和古细菌的多样性，结果表明古细菌和细菌数量均等，未培养微生物约占检出总量的30%左右，检测到的古细菌主要是乙酸型产甲烷古菌。 佘跃惠等人也用16S rDNA文库结合TGGE方法研究了大港孔店油田注水油藏微生物群落的多样性，结果表明注水井中的微生物多样性比采油井中丰富，注水井样品中的细菌主要属于变形菌门和放线菌纲,尤其是红细菌亚纲(47%)。采油井样品的细菌主要属于变形菌门,尤其是假单胞菌属(62%)。 通常采用构建16SrDNA文库方法与其它分子生物学方法联合，对环境微生物群落结构进行分析。;16S rDNA克隆文库数据分析;⑵ 变性梯度凝胶电泳DGGE;16S rDNA的高可变区;;GC-Clamp 调节目的序列的解链行为，为一段40bp的高GC含量的片段 常规的DGGE电泳技术对于长度超过500bp的DNA片段的序列变化情况,只能有50%的检出率。 应用“GC夹板”技术可使检出率提高到100 %。;DGGE的参数：;环境样品分析的流程;DGGE在微生物分子生态学中的应用;举例：;优点： 缺点： 分辨率有限，复杂环境中（土壤或肠道），只能检测出优势菌。 一般只能分析500bp以下的片段。 PCR过程产生的异源双链和单链DNA会对分析造成偏差。;RFLP（限制性片段长度多态性）;优点 遍布整个基因组，数据多态信息量大 结果非常稳定，重复性好，探针多 缺点 技术复杂，周期长，费用高 检测中需放射性物质，限制了广泛应用 DNA量大，分析速度慢;T-RFLP（末端限制性片段长度多态性）;T-RFLP的优点： 相对于其它方法，T-RFLP技术分析更为迅速，且结果可以数据的形式输出，因而在微生物群落的快速检测和分析中更有优势。;分析 方法;分析 方法;三、展望;存在的问题：;现在，微生物分子生态学研究已经超越了单纯说明环境微生物群落结构的阶段； 重心转移到了群落功能方面的研究，一方面要求深入挖掘已有方法的潜力，另一方面也尝试着多种方法的联合，最终分析清楚各种微生物在生态系统中发挥的作用，将微生物群落结构和群落功能联系起来。 这也是微生物分子生态学研究的最终目的。