beast系列软件使用.docx

.. 个人初步总结 个人详细使用： BEAUti 1、 File-— Import Data —翻开 NEXUS(beauti 软件的 NEXUS 文件与 PAUP 软件的有不同 ) 文件翻开后显示为 2、选择 Taxon Sets通过建立一套定义子集分类，这个窗口允许你建立分类单元内的子集序列 数据。这也允许你去记录每个分类 tMRCA 子集最近的共同祖先 ,设置分布在相应分歧时间的 分歧倍。最后 tMRCAs 在日志文件中应按单位一样规定你的 DNA 序列。这些分类单元可以代 表不同的物种子集分析地理上孤立的多种群或者在一个物种。值得注意的是 ,建立一个分类 单元不保证该子集集团将能够对其它属种单源推理分析。 单击“ +〞在左下角，创立几个分类群，重命名他们。在另一个中你可以看到一些有用的分 类群，选择你所需要的分类群然后单击绿色的按钮，确使在 MCMC 分析的时候保持单源。 最后可以得到类似： 3、选择 substitution model 这里主要是模型的选择 . . word.zl- .. substitution model中主要为三个模型 HKY GTR TN93 根据模型构建来选择 Base frequencies中 Estimated/Emirical/All equal 三种 估计，经历，设备 可根据不同的获得方式来选择。 Site Heterogeneity Model 中 None/Gamma/Invariant sites/Gamma+Invariant sites,None(假定物种的进化保持一样的速率 )Gamma 〔物种的进化不是一样的速 率〕 Invariant sites 〔数据中的某些位点从未经受任何进化上的改变，其进化速率 是一样的〕 Partition into codon positions 中 off/2 partitions:positions(1+2),3/3partitions:positions1,2,3 off ：分析不能转录成 RNA 的 DNA 2 partitions:positions(1+2),3:1,2段转录比拟慢， 3 段转录比拟快 3partitions:positions1,2,3：3 段都有自己的转录翻译速度 有些 〔name下有两个以上〕 这时需要选择 Data Partitions的 Unlink Subst Model . . word.zl- .. 4、选择 clock model 选择 the relaxed molecular clock models 数据来自一个潜在的指数函数或对数正态分布。很多 数据都是用到 the relaxed molecular clock models 选择适宜的分子钟模型来估计速率的变化。 5、 tress Tree priors：我们比拟多的希望使用 Yule 模型，这是一个简单的模型通常是更适用于考虑序 列不同的种类。 6、 Priors 在有数据的情况下，改变设置 trmc 〔〕的 Priors，其他的参数设置大概估计不出 现红色即可。 . . word.zl- .. 7、 MCMC Length of ch