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关联分析方法 汪樊 2010-01-29 HUST-HGRC-GENEID Index SNP 相关概念 统计推断 关联分析常用术语及其计算方法 SNP 定义 definition 分类 classification 资源 web：Google、NCBI 、UCSC、HapMap Wikipedia etc software：Haploview、SNPbrowser、PLINK SAS、SPSS etc 数据获得 SNP分型 Genotyping 数据整理 Data Acquiring 统计推断 建立零假设 H0 ：SNP与疾病不相关 建立备则假设H1 ：SNP与疾病相关 检测统计量 相关计算概念 Statistical Power 统计效率检测，样本大小是否 足够检测 Hardy-Weinberg disequilibrium test 哈迪-温伯格不平衡检测，用于检 测样本是否来自于随机婚配人群 Observational p value 观测性P值,初步得出SNP是否与疾病相关 Statistical Power Hardy-Weinberg Disequilibrium Test 质量性状关联分析 质量性状关联分析 Adjustment p value Genetic Model Analysis PLINK files PLINK 自检 进入plink 目录 plink HW p value plink --file filename --hardy --out filename Observational p value OR 95%CI plink --file filename --assoc --ci 0.95--out fileanme Model analysis plink --file filename --model (--cell 0) --out filename SPSS 软件介绍 数据管理 数据操作 descriptive statistics Mutlivaraient Logistic Regression Analysis Linear Regression Analysis ANOVA 作图 pp plot qq plot * * Association Study Method 分型方法 验证方法 质控体系 QC 核对 按照分析软件制作格式 从GENEID中调出临床资料 质量性状 例如 CAD、AF、Stroke etc 采用Person chi-square test ，Fisher Exact test 数量性状 例如 BMI、lipid Blood Pressure etc 采用 regression analysis 或ANOVA方差分析 根据统计量大小以及相应自由度，求得 P值 P值反映了零假设成立概率，运用小概率法原理，p0.05，即认为零假设不成立，继而接受备则假设 Adjustment p value 对环境混淆危险因素进行调整后的p值 Odds ratio 相对优势比，衡量风险等位基因的效应大小 Assocation Correction 针对关联分析中样本多重比较及数据顺序问题，对p值进行矫正 分析软件可采用，power and sample size, 1990 /PowerSampleSize HW主要运用Person chi-square思想，通过比较观察值和理论预测值的分布，如果p〉0.05，表明原假设成立，样本来自一个随机婚配的群体，反之，则不成立，样本不随机，不能用于关联分析 这里面要注意的是，HW检验针对的是群体，所以一般在case群体、对照群体和总群体中都来检测p值，一般来说case群体不一定能通过HW检验，如果不通过，没关系 分析软件 以PLINK 为主，SPSS和EXCLE 都可以计算 2*3 基因型统计表 2*2 等位基因统计表 列联表主要运用Person chi-square思想，通过比较观察值和理论预测值的分布，如果p0.05，表明原假设不成立，SNP与疾病相关，反之，则不成立，该p值称为Observa