Illumina、454、ABI测序仪比较[归纳].pdfVIP

Illumina 、454 、ABI 测序仪比较 Illumina 测序仪 Illumina 公司的新一代测序仪 Genome Analyzer 最早由 Solexa 公司研发， 利用其专利核心技术 “DNA簇 ”和 可逆性末端终结（“ reversible terminator ）”，实现自动化样本制备及基因组数百万个 碱基大规模平行测序。 Illumina 公司于 2007 年花费 6 亿美金的巨资收购了 Solexa ，就是为了促 成 Genome Analyzer 的商品化。 Genome Analyzer 作为新一代测序技术平台，具有高准确性， 高通量，高灵敏度，和低运行成本等突出优势，可以同时完成传统基因组学研究（测序和注释） 以及功能基因组学 （基因表达及调控，基因功能，蛋白 /核酸相互作用）研究。 Genome Analyzer 自上市以来，已经为千人基因组计划立下了赫赫战功。今年早期，荷兰科学 家利用它首次绘出女性的基因组图谱。而就在前两周， 《Nature 》杂志上一连出现三个人类基因 组图谱：炎黄一号 -第一个亚洲人图谱；第一个癌症病人图谱；第一个非洲人图谱。它们全是依 赖 Genome Analyzer 完成的。哗，一下就来仨！这和第一个人类基因组图谱的 13 年形成了多 么鲜明的对照。 根据去年底的数据， Genome Analyzer 已售出约 200 台，估计是市场占有率最广的。前不久， 华大基因再添置了 12 台，准备放在香港和深圳的实验室，至此华大基因已经有 29 台 Genome Analyzer 。而著名的麻省理工学院和哈佛大学 Broad 研究院拥有 47 台 Illumina 测序仪。众多实 验室之所以选择 Illumina ，看中的无疑是 Genome Analyzer 的高性价比。 上个月， Illumina 将 Genome Analyzer II 升级到 Genome Analyzer IIx ，距年底实现单次运行获 得 95 GB 数据的宏伟目标又近了一步。 Genome Analyzer IIx 有两个核心特征： 其一是更大的试 剂冷却器，支持超过 100 个测序循环，进一步提升了系统的易用性和自动化；其二是全新的流 动池支架，让每轮运行所得的高质量数据增加 20% 。依靠系统软件和试剂的改进， Genome Analyzer IIx 现在能够支持 100 bp 以上的配对末端读长，并在每次运行中产生超过 20 GB 的高 质量数据。 Genome Analyzer 技术的基本原理： 1. 文库制备 将基因组 DNA 打成几百个碱基（或更短）的小片段，在片段的两个末端加上接头 (adapter) 。 2. 产生 DNA 簇 利用专利的芯片，其表面连接有一层单链引物， DNA 片段变成单链后通过与芯片表面的引物碱 基互补被一端 “固定 ”在芯片上。 另外一端 （5’或 3’）随机和附近的另外一个引物互补， 也被 “固定 ” 住，形成 桥“ (bridge) 。“反复 30 轮扩增， 每个单分子得到了 1000 倍扩增， 成为单克隆 DNA 簇。 DNA 簇产生之后，扩增子被线性化，测序引物随后杂交在目标区域一侧的通用序列上。 3. 测序 Genome Analyzer 系统应用了边合成边测序（ Sequencing By Synthesis ）的原理。加入改造过 的 DNA 聚合酶和带有 4 种荧光标记的 dNTP 。 这些核苷酸是 可逆终止子“ ”，因为 3’羟基末端带 有可化学切割的部分，它只容许每个循环掺入单个碱基。此时， 用激光扫描反应板表面，读取每 条模板序列第一轮反应所聚合上去的核苷酸种类。之后，将这些基团化学切割，恢复