遗传标记的表征.ppt

第六章 遗传标记及其应用 第一节 遗传标记 的类型与特点 遗传标记（Genetic markers） 可以明确反映遗传多态性的生物特征。 形态标记（morphological markers 细胞学标记（cytological markers） （biochemical markers 分子标记（molecular markers） 色素、生理特性、生殖特性、抗病虫性等有关的标记。 一、形态标记 形态标记 能够显示遗传多态性的外部形态。 如株高、叶形、育性等。 广义形态标记 水稻已鉴定出300多个标记基因 棉花中已鉴定出160多个突变基因。 染色体结构 (如缺失、易位、倒位、重复等) 二、细胞学标记 细胞遗传学标记 能够显示遗传多态性的细胞学特征。 染色体数量（如单体、缺体、三体、四体） 缺一对5A染色体，发育成斯卑尔脱小麦的穗型。 普通小麦 21对染色体都有其缺体，活力较差和育性较低。 5A染色体有抑制斯卑尔脱小麦穗型的基因 发现突变型比正常的直果曼陀罗（2n =24=12Ⅱ）多一个染色体（12Ⅱ+ l），即11Ⅱ+ l Ⅲ。 直果曼陀罗(Datura stramonium) 中发现球形蒴果　　 1910 1920 染色体长度、随体和着丝粒，反映染色体的缺失、易位、倒位、重复 染色体结构 C带、N带、G带等，反映染色体上常染色质与异染色质的分布 染色体核型 染色体带型 三、生化标记 生化标记 贮藏蛋白、同工酶等标记 种子贮藏蛋白 白蛋白 球蛋白 醇溶蛋白 谷蛋白 不同植物，4种蛋白含量不同， 如 水稻、小麦中含有高水平的谷蛋白， 玉米中主要是醇溶蛋白 豆科作物主要是球蛋白 种子贮藏蛋白的电泳分析已广泛用于作物品种鉴别和种子纯度鉴定。 聚丙烯酰胺凝胶电泳 同工酶（isozyme） 具有功能相同而结构和理化性质不同的一类酶 等位酶（allozymes） 同一基因座上的不同等位基因编码的同工酶 共显性 四、分子标记（molecular marker） 分子标记 以DNA多态性为基础的遗传标记 7、检测手段简单快捷；开发和使用成本低。 （一）分子标记的特点 1、遗传多态性高； 2、多数为共显性，信息完整 3、在基因组中大量存在且均匀分布 4、选择中性 5、稳定性、重现性好 6、信息量大，分析效率高 简称RFLP标记 （二）分子标记的类型及原理 分子标记技术大体分为四大类 1、以DNA-DNA杂交为基础的DNA标记技术 （in situ hybridization） 限制性片段长度多态性标记 （Restriction fragment length polymorphisms） 可变数目串联重复序列标记 （Variable number of tandem repeats） 简称VNTR标记 原位杂交 简称ISH 2、基于PCR的DNA标记 1）单引物PCR标记 2）双引物选择性扩增的PCR标记 3）通过克隆、测序来构建特殊双引物的PCR标记。 限制性酶切片段的选择性扩增 3、基于PCR与限制性内切酶技术相结合的DNA标记 分为两类 PCR扩增片段的限制性酶切 如AFLP 如CAPs Single nucleotide polymorphism， 4、基于单核苷多态性的DNA标记 单核苷酸多态性 简称SNP 用限制性内切酶酶切不同个体的基因组DNA后，含有与探针序列同源的酶切片段在长度上的差异。 （三）主要分子标记 1、RFLP（Restriction Fragment Length po1ymorpams） 限制性片段长度多态性 1980，Bostein 碱基替换、插入、缺失或重复造成某种限制性内切酶（restriction enzymes ）酶切位点的增加或丧失以及内切酶酶切位点间DNA片段变化 基因组DNA序列上的变化 （1）RFLP标记的原理 （1）RFLP标记的分析步骤 单拷贝或寡拷贝 RFLP分析探针 探针来源 cDNA克隆 基因组克隆（Random Genome） PCR克隆 　 （3）RFLP标记的特点 优点 ①数目几乎无限 ②共显性 ③可以利用现有探针，具有种族特异性 ④RFLP标记遍及全基因组 ⑥重复性好 缺点 成本较高; 需要许多克隆探针； 一个探针只能产生一个多态位点； 所需DNA量大(5～15μg)； 易造成环境污染 随机排列的寡聚脱氧核苷酸单链引物（ 10个核苷酸）。 　　通过PCR扩增染色体组DNA所获得的长度不同的多态性DNA片段。 2、RAPD（Random Amplification Polymorphism DNA）　　RAPD， 随机扩增多态性DNA 1990,Williams 特异性取决于引物与模板DNA结合的特异性。 PCR，聚合酶链式反应（polym