生物信息学复习题及答案(打印).pdfVIP

一、名词解释： 1.生物信息学： 研究大量生物数据复杂关系的学科，其特征是多学科交叉，以互联网为媒 介，数据库为载体。 利用数学知识建立各种数学模型 ; 利用计算机为工具对实验所得大量生 物学数据进行储存、检索、处理及分析，并以生物学知识对结果进行解释。 2.二级数据库： 在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来，是对 生物学知识和信息的进一步的整理。 序列格式 ：是将 DNA 或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记的核苷酸或者氨基酸字符串， 大于号（ ）表示一个新文件的开始，其他无特殊要求。 序列格式： 是 GenBank 数据库的基本信息单位，是最为广泛的生物信息学序列格式之一。 该文件格式按域划分为 4 个部分： 第一部分包含整个记录的信息 （描述符）；第二部分包含 注释；第三部分是引文区， 提供了这个记录的科学依据； 第四部分是核苷酸序列本身， 以“询 序列 （query sequence ）：也称被检索序列， 用来在数据库中检索并进行相似性比较的序列。 P98 8. 打分矩阵（ scoring matrix ）：在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。包括基于 理论（如考虑核酸和氨基酸之间的类似性）和实际进化距离（如 PAM ）两类方法。 P29 9.空位（ gap）： 在序列比对时，由于序列长度不同，需要插入一个或几个位点以取得最佳 比对结果，这样在其中一序列上产生中断现象，这些中断的位点称为空位。 P29 10.空位罚分 ：空位罚分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影响，序列中的空位的引入 不代表真正的进化事件，所以要对其进行罚分，空位罚分的多少直接影响对比的结果。 P37 值： 衡量序列之间相似性是否显着的期望值。 E 值大小说明了可以找到与查询序列（ query ） 相匹配的随机或无关序列的概率， E 值越接近零，越不可能找到其他匹配序列， E 值越小意 味着序列的相似性偶然发生的机会越小，也即相似性越能反映真实的生物学意义。 P95 12.低复杂度区域： BLAST搜索的过滤选项。指序列中包含的重复度高的区域，如 poly （A ）。 13.点矩阵（ dot matrix ） ：构建一个二维矩阵，其 X 轴是一条序列， Y 轴是另一个序列，然 后在 2 个序列相同碱基的对应位置（ x，y ）加点，如果两条序列完全相同则会形成一条主对 角线，如果两条序列相似则会出现一条或者几条直线； 如果完全没有相似性则不能连成直线。 14.多序列比对： 通过序列的相似性检索得到许多相似性序列，将这些序列做一个总体的比 对，以观察它们在结构上的异同，来回答大量的生物学问题。 15.分子钟： 认为分子进化速率是恒定的或者几乎恒定的假说，从而可以通过分子进化推断 出物种起源的时间。 16.系统发育分析： 通过一组相关的基因或者蛋白质的多序列比对或其他性状，可以研究推 断不同物种或基因之间的进化关系。 17.进化树的二歧分叉结构： 指在进化树上任何一个分支节点，一个父分支都只能被分成两 个子分支。 系统发育图： 用枝长表示进化时间的系统树称为系统发育图， 是引入时间概念的支序图。 18.直系同源： 指由于物种形成事件来自一个共同祖先的不同物种中的同源序列，具有相似 或不同的功能。 （书：在缺乏任何基因复制证据的情况下， 具有共同祖先和相同功能的同源 基因。） 19.旁系（并系）同源： 指同一个物种中具有共同祖先，通过基因重复产生的一组基因，这 些基因在功能上可能发生了改变。 (书：由于基因重复事件产生的相似序列。