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实验四：介观动力学模拟 _27396 《计算材料学》实验讲义 实验八：介观动力学模拟 一、前言 1、介观模拟简介 长期以来， 化学家致力于从分子水平研究物质及其变化， 而化学工程工作者 主要研究物质在宏观体系的行为，介观层次的化学正是联系微观及宏观的桥梁， 是从分子到材料的必由之路，同生命过程也有密切的关联。 由于介观模拟能够模拟的空间尺度 （纳米到微米） 、 时间尺度 （纳秒到微秒） 更大，应用介观模拟方法可以模拟更加复杂的体系，例如：高分子熔体，高分子 稀溶液自组装，表面活性剂溶液自组装，磷脂膜等胶体化学，高分子，生物大分 子相关的内容。 目前介观模拟的方法很多， 例如耗散颗粒动力学模拟方法 (dissipative particle dynamics， DPD)，它是根据 Hoogerbrugge和Koelman提出的一种针对柔性 (soft)球 模型流体动力学的模拟，并通过引入粒子间的谐振动势，来模拟聚合物的性质； 元胞动力学方法（ CDS），基于重整化群理论，对时间相关的 Ginzburg-Landau方 程直接用数值计算的方法在离散空间上进行描述。 其中单个元胞的演化通常用双 曲正切函数表示；动态密度泛函方法（ DDFT 或MesoDyn），应用于高分子体系， 建立在粗粒化高斯链模型的基础上， 实际上是一个动态的自洽场方法， 使用了朗 之万方程（ Langevin ’s equati）on来描述体系演化的动力学。 （ 1） MS-Mesocite 简介 MS Mesocite 是一个基于粗粒度模拟方法的、可以对广泛体系进行模拟研究 的分子力学工具集， 模拟的对象大小尺寸在纳米到微米尺度范围， 相应地， 模拟 变化的时间范围落在纳秒至微秒区间。 MS Mesocite 的模拟对象遍及多种工业领 域，比如复合材料、涂料、化妆品以及药物控缓释等，它可以提供流体在平衡态 下、 在有剪切力存在下以及其它受限制条件下的结构与动力学性质。 MS Mesocite 的突出特点是使用完全区别于传统介观模拟技术， 转而采用力场 (Forcefield)方法 — 比如 MS Martini 力场 —来描述粗粒度之间的相互作用，从而得到体系的结构、 1 / 15 实验四：介观动力学模拟 _27396 和动力学特性，分析函数主要有角度分布，密度分布，径向分布函数，二面角分 布，均方根位移等。同时，您还可以使用力场编辑工具对 MS Mesocite 的力场进 行编辑，以获得满足特殊要求的力场，从而拓展了 MS Mesocite 的应用范围。 应用 Mesocite 进行动力学模拟时，最主要的是得到精确的力场。 Martini 力 场，是由 Marrink 提出的，可以应用于生物分子体系。 Martin 力场中包括四种主 要的力场类型：极性（ polar-P）、非极性（ apolar-C）、无极性（ nonpolar-N）、带 电（charged-Q）。每种力场类型又分为若干子类型，极性和非极性根据极性高低 下分有五种类型（用下坐标 1-5 表示），无极性和带电的更具氢键结合能力分为 四种类型 （d-氢键供体， a氢键受体， da-两个都有， o-都没有）， 这样使得 Martini 力场能够更加精确的描述体系性质，应用于更多不同的有机分子体系。 二、实验目的 1、了解介观模拟方法及应用领域 2、了解 Martini 力场的 3、掌握 Mesocite 模块的基本操作 三、实验内容 以下以介观动力学模拟脂质双分子层为例，熟悉 Mesocite 的基本操作。 1、打开 MS，选择 created new project，键入 CG-bilayer 作为工程的名称，点击 OK 。本实例是在软件所有参数在默认的情况下进行的，选择 Organizer，选中 CG-bilayer ，点击 Reset。 2、建脂质分子，建模过程要用到 Mesostructure toolbar Tools-Settings ，如在 工具栏中没有此建模工具，点击菜单栏中的 view-toolbar-mesostructure，调出此 建模工具。 （ 1）点击 Bead Types按钮 ，打开 Bead Types 对话框。 点击 Properties …按钮，打开 Bead Type Properties 对话框，点击